Ubuntu 20.04下R v4.2.1安装ballgown包失败的解决求助

第一步：修复缺失的/usr/lib/R/etc/ldpaths文件 #

• 执行终端命令重新配置R系统环境，自动生成缺失的配置文件：

  sudo dpkg-reconfigure r-base-core
  

第二步：安装必备系统依赖库 #

一次性安装ballgown及其依赖包所需的所有系统级库，解决libcurl、openssl等缺失问题：

sudo apt-get update && sudo apt-get install -y libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev libz-dev libbz2-dev liblzma-dev

第三步：重新安装BiocManager并部署ballgown #

1. 打开R终端，卸载可能损坏的BiocManager：

   remove.packages("BiocManager")
   

2. 重新安装BiocManager：

   install.packages("BiocManager")
   

3. 适配R 4.2.1，设置Bioconductor版本为3.16：

   BiocManager::install(version = "3.16")
   

4. 安装ballgown并自动处理所有依赖：

   BiocManager::install("ballgown", dependencies = TRUE)
   

额外排查方案 #

• 若特定依赖包安装失败，先在终端安装对应系统开发库，比如遇到Rcpp相关错误时：

  sudo apt-get install libstdc++-dev
  

• 返回R终端重新安装该依赖包，再尝试安装ballgown。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Chip