Snakemake中--rerun-triggers通过bash变量传递报错问题

问题原因 #

bash变量展开时，{mtime,input,params}会被作为一个整体字符串传递给Snakemake，而非解析为多个独立的触发选项，导致Snakemake将其识别为无效参数。

可行解决方案 #

方案1：使用Bash数组（推荐，安全可靠） #

通过数组存储参数，确保每个选项被作为独立参数传递：

# 定义数组
snakemake_extra=(--rerun-triggers mtime input params)

# 执行命令
snakemake "${snakemake_extra[@]}" -pr --snakefile Snakefile --configfile config.yaml -c 20 -n

数组展开后会将--rerun-triggers、mtime、input、params分别作为独立参数传递，Snakemake可正确识别每个触发选项。

方案2：使用逗号分隔的参数值 #

Snakemake支持通过逗号直接分隔多个--rerun-triggers选项，修改变量定义即可：

# 修改变量定义
snakemake_extra="--rerun-triggers mtime,input,params"

# 执行命令（保持原有格式）
snakemake $snakemake_extra -pr --snakefile Snakefile --configfile config.yaml -c 20 -n

此时传递的参数为--rerun-triggers和mtime,input,params，Snakemake会自动解析逗号分隔的内容为多个有效选项。

方案3：使用eval展开大括号（仅变量内容可控时使用） #

通过eval让Bash预先展开变量中的大括号，转换为独立参数：

# 保持原有变量定义
snakemake_extra="--rerun-triggers {mtime,input,params}"

# 用eval执行命令
eval snakemake "$snakemake_extra" -pr --snakefile Snakefile --configfile config.yaml -c 20 -n

注意：eval会执行变量中的所有命令，若变量内容不可控存在安全风险，仅在确认变量无恶意内容时使用。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Carlus