Github Action中scipy.loadmat加载.mat文件遇未知类型错误

1. 问题原因 #

出现Unknown mat file type, version 50, 52错误的核心原因是GitHub Actions中没有正确拉取到LFS存储的.mat文件，实际读取的是LFS的占位符文件（仅几十字节，内容为LFS指针信息），而非真实的.mat文件。

近期突然出现问题的可能诱因：

• GitHub Actions的克隆步骤被修改，移除了LFS相关配置
• 子模块的LFS设置更新后，主仓库的克隆脚本未同步调整
• GitHub LFS临时故障，导致占位符未被替换为真实文件
• 子模块的引用分支被修改，新分支的LFS配置存在问题

2. 调试与解决步骤 #

调试方法 #

• 在GitHub Actions的测试步骤前添加文件检查命令，确认.mat文件的大小和内容：

  # 查看文件大小
  ls -lh mainproject/submodule/path/to/matfile.mat
  # 查看文件前几行内容（LFS占位符会显示oid等指针信息）
  head -10 mainproject/submodule/path/to/matfile.mat
  

• 检查GitHub Actions的克隆日志，确认是否有LFS拉取的相关记录，比如是否出现Skipped content check for LFS objects类提示

解决措施 #

• 确保克隆主仓库时启用LFS，并递归拉取子模块的LFS文件：
  在Actions的actions/checkout步骤中添加参数：

  - name: Checkout code
    uses: actions/checkout@v4
    with:
      submodules: recursive
      lfs: true
      fetch-depth: 0
  

• 如果子模块单独使用LFS，拉取子模块后单独执行LFS拉取：

  git submodule update --init --recursive
  git lfs pull --submodules
  

• 验证Docker镜像中的scipy版本与本地/服务器一致，排除版本兼容问题（此案例中本地正常，优先级较低）

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Shahar