Graph Gym执行报错求助：适配的稳定版本咨询

运行环境 #

• Windows 10
• Python 3.8.13
• Bash 5.1.16(1)-release (x86_64-pc-linux-gnu)
• PyTorch 1.8.2
• CUDA 11.1.1
• CUDNN 8.1.0.77

问题1：执行bash run_single.sh报错 #

报错信息

run_single.sh: line 2: $'\r': command not found
run_single.sh: line 4: python: command not found
run_single.sh: line 5: python: command not found
run_single.sh: line 6: python: command not found

解决方法

1. 修复换行符问题：Windows下编辑的Shell脚本默认用CRLF换行，而Bash仅识别LF。用Notepad++打开run_single.sh，点击右下角状态栏的「CRLF」，切换为「LF」后保存。
2. 解决Python命令识别问题：
   • 直接修改脚本中的python为python.exe；
   • 或在Bash终端中临时设置别名：alias python=python.exe；
   • 也可以将Python环境目录添加到Bash的PATH中，编辑~/.bashrc文件加入：export PATH="/c/Users/rs085237/Miniconda3/envs/graphenv:$PATH"，重启Bash生效。

问题2：直接运行命令python main.py --cfg configs/pyg/example_link.yaml --repeat 3报错 #

报错信息

Tried to access nonexistent attribute or method 'crow_indices' of type 'Tensor'.:
  File "C:\Users\rs085237\Miniconda3\envs\graphenv\lib\site-packages\torch_sparse\tensor.py", line 109
    def from_torch_sparse_csr_tensor(self, mat: torch.Tensor,
                                     has_value: bool = True):
        rowptr = mat.crow_indices()
                 ~~~~~~~~~~~~~~~~ <--- HERE
        col = mat.col_indices()

原因

PyTorch 1.8.2中，稀疏CSR张量的行指针获取方法为rowptr()，而crow_indices()是PyTorch 1.10及以上版本才新增的方法，当前安装的torch_sparse版本与PyTorch 1.8.2不兼容。

适配版本建议

方案1：升级PyTorch到兼容稳定版

基于你的CUDA 11.1环境，推荐升级到PyTorch 1.10.2（CUDA 11.1版本），这是经过验证的稳定版本，适配crow_indices()方法。配套的PyTorch Geometric相关依赖版本如下：

• torch-scatter == 2.0.9
• torch-sparse == 0.6.12
• torch-cluster == 1.5.9
• torch-spline-conv == 1.2.1
• torch-geometric == 2.0.4

方案2：降级torch_sparse适配现有PyTorch版本

安装适配PyTorch 1.8.2的torch-sparse 0.6.11版本，执行以下命令：

pip install torch-sparse==0.6.11 -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.8.2+cu111.html

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Phạm Tâm