在HPC集群运行R的INLA模型时出现CXXABI_1.3.8未找到错误

问题背景 #

按官方教程在HPC集群安装R的INLA包后，运行测试模型时出现版本依赖报错，更换GCC版本后问题仍存在，但该模型在本地电脑可正常运行。

报错信息 #

/storage/homefs/'username'/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/INLA/bin/linux/64bit/inla.mkl: /storage/homefs/'username'/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/INLA/bin/linux/64bit/first/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /software.el7/software/ICU/69.1-GCCcore-10.3.0/lib64/libicuuc.so.69)

测试脚本 #

library(INLA)

n = 100; a = 1; b = 1; tau = 100
z = rnorm(n)
eta = a + b*z

scale = exp(rnorm(n))
prec = scale*tau
y = rnorm(n, mean = eta, sd = 1/sqrt(prec))

data = list(y=y, z=z)
formula = y ~ 1+z
result = inla(formula, family = "gaussian", data = data)
summary(result)

解决方法 #

1. 让INLA优先使用集群兼容的libstdc++库 #

INLA自带的libstdc++.so.6版本偏旧，和集群ICU库依赖冲突。可以通过设置环境变量，让系统优先加载集群GCC对应的库：

• 在终端启动R前执行：

  export LD_LIBRARY_PATH=/software.el7/software/GCCcore/10.3.0/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
  

• 或者在R脚本开头添加：

  Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH = paste0("/software.el7/software/GCCcore/10.3.0/lib64:", Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")))
  

  注意路径需匹配集群上GCCcore-10.3.0的实际lib64位置。

2. 禁用INLA自带的内置库 #

通过环境变量强制INLA使用系统已安装的兼容库：

Sys.setenv(INLA_DONT_USE_BUILTIN_LIBS = "TRUE")
library(INLA)

3. 基于集群环境重新编译安装INLA #

如果上述方法无效，加载集群对应版本的GCC（如GCCcore/10.3.0）后，从源码编译安装INLA：

install.packages("INLA", repos=c(getOption("repos"), INLA="https://inla.r-inla-download.org/R/stable"), dep=TRUE)

编译过程会自动适配集群的库版本，彻底解决依赖问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Anthony