无需SLURM与正式集群，如何用snakemake --cluster跨机调度任务？

1. 无正规集群时能否使用snakemake --cluster？ #

完全可以。snakemake --cluster的核心是接受一个任务提交命令模板，并不强制依赖正规集群的调度系统（比如PBS、Slurm）。只要你能提供一个可以把任务分发到远程机器执行的命令，就能用这个参数。

2. 有没有通过SSH直接执行命令的类qsub工具？ #

有几种实用方案：

• 直接用SSH作为提交命令：不需要额外工具，直接在--cluster参数里指定SSH执行模板。示例：

  snakemake --cluster "ssh user@remote-host nohup {cmd} > {log}.out 2> {log}.err &" -j 4
  

  这个命令会把每个Snakemake任务通过SSH发到remote-host后台执行，输出和错误日志会写入共享的NFS目录，确保本地和远程都能访问。
• 轻量级类qsub工具：比如pssh（并行SSH工具）、dsh（分布式shell），可以批量管理多台远程机器。你也可以自己写个简单脚本，模拟qsub的逻辑——接收命令后通过SSH在远程执行并返回任务标识，适配Snakemake的集群接口。

3. NFS主目录的适配问题 #

你的NFS主目录刚好满足Snakemake对共享文件系统的要求：只要所有参与的机器都挂载了同一个NFS主目录，且Snakemake的工作目录、输入输出文件都放在这个共享目录下，就不会有文件访问问题。需要注意两个细节：

• 确保所有机器上的Snakemake版本一致，避免语法或功能差异导致任务失败。
• 远程机器要安装好任务依赖的所有软件（比如Python包、编译工具等），否则远程执行时会出现依赖缺失的错误。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者moi