如何合并无共同祖先但含共同代码的两个Git仓库？

背景情况 #

• 创建了repoRoot仓库
• repoRoot曾丢失，仅保留了文件备份
• 基于这份备份文件创建了无历史记录的repoNew仓库
• 在repoNew中，所有代码被迁移至新的subFolder目录
• 后续repoRoot仓库失而复得

需求 #

• 合并为单个仓库，优先保留repoRoot的完整历史记录
• 无缝接续repoNew的后续提交历史
• 尽可能保留两个仓库原有的所有分支

操作步骤 #

步骤1：初始化合并仓库 #

先把repoRoot克隆到本地，再将repoNew作为远程仓库引入：

# 克隆repoRoot到本地，命名为merged-repo
git clone <repoRoot地址> merged-repo
cd merged-repo

# 添加repoNew为远程仓库并拉取所有内容
git remote add repoNew <repoNew地址>
git fetch repoNew

步骤2：对齐文件结构（关键步骤） #

因为两个仓库没有共同祖先，需要在repoRoot的历史末尾创建一个提交，让文件结构和repoNew的初始状态完全匹配（即把repoRoot的所有文件移到subFolder目录）：

# 查看repoRoot最后一次提交的哈希值（示例哈希为abc123）
git log --oneline

# 基于该提交创建临时分支
git checkout -b temp-align abc123

# 创建subFolder并移动所有文件进去
mkdir subFolder
git ls-files | grep -v ^subFolder$ | xargs mv -t subFolder/
git add .
git commit -m "对齐repoNew初始结构：迁移所有文件至subFolder"

步骤3：合并repoNew的历史 #

此时temp-align分支的文件结构和repoNew初始状态一致，可直接合并：

# 合并repoNew的主分支（需替换为实际分支名，如main/master）
git merge repoNew/main --allow-unrelated-histories

# 若出现冲突，解决后提交：
# git add .
# git commit -m "解决合并冲突"

步骤4：整合到主分支 #

将合并后的历史同步到repoRoot的主分支：

git checkout main
git merge temp-align

# 删除临时分支
git branch -d temp-align

步骤5：迁移其他分支 #

如果两个仓库还有其他分支，重复类似流程：

# 以repoNew的feature分支为例
git checkout -b temp-feature repoRoot/feature-branch

# 重复文件迁移操作（若该分支未调整结构）
mkdir subFolder
git ls-files | grep -v ^subFolder$ | xargs mv -t subFolder/
git add .
git commit -m "对齐repoNew feature分支初始结构"

# 合并repoNew的feature分支
git merge repoNew/feature-branch --allow-unrelated-histories

# 同步到主仓库的feature分支
git checkout feature-branch
git merge temp-feature
git branch -d temp-feature

验证合并结果 #

执行以下命令查看合并后的历史结构，确认repoRoot历史在前、repoNew历史接续在后：

git log --oneline --graph

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Patrick Wolf