Bash脚本仅输出命令不执行，如何修改使其运行目标命令？

我编写了如下所示的脚本，但运行该脚本时，它仅输出最终命令而不执行。请问需要在脚本末尾添加什么内容才能让命令运行？

原脚本：

#!/bin/bash -l
#$ -cwd
# file name: singlecell.sh


rundir=$1
outdir=$2
samplesheet=$3

USAGE="Usage: $0 -i [path to input run directory]  -o [path to output directory] -s [path to sample sheet]"

while getopts i:o:s:h opt
  do
  case "$opt" in
      i) RunDir="$OPTARG";;
      o) OutDir="$OPTARG";;
      s) SampSheet="$OPTARG";;
      h) echo $USAGE; exit 1
  esac
done

if [[ $RunDir == "" || $OutDir == ""  || $SampSheet == "" ]]
    then
    echo $USAGE
    exit 1
fi

# asssume only one index type per run 
index8=`grep "SI-GA\|SI-NA" $SampSheet | wc -l`
ignore=""
# check if single indexes.
if [ $index8 -gt 0 ]; then
   ignore="--filter-single-index"
else
  ignore="--filter-dual-index"
fi
   

cmd="cellranger mkfastq --run=$RunDir --output-dir=$OutDir --csv=$SampSheet --localcores=8 --localmem=40 $ignore --barcode-mismatches=0"

echo $cmd
$cmd

问题原因与解决方法 #

你脚本里虽然写了$cmd，但直接用字符串存储命令会导致参数解析出错（比如路径含空格时），进而命令无法正确执行。正确的做法是用数组存储命令参数，而非字符串：

修正后的脚本：

#!/bin/bash -l
#$ -cwd
# file name: singlecell.sh


rundir=$1
outdir=$2
samplesheet=$3

USAGE="Usage: $0 -i [path to input run directory]  -o [path to output directory] -s [path to sample sheet]"

while getopts i:o:s:h opt
  do
  case "$opt" in
      i) RunDir="$OPTARG";;
      o) OutDir="$OPTARG";;
      s) SampSheet="$OPTARG";;
      h) echo "$USAGE"; exit 1
  esac
done

if [[ -z "$RunDir" || -z "$OutDir" || -z "$SampSheet" ]]
    then
    echo "$USAGE"
    exit 1
fi

# assume only one index type per run 
index8=$(grep "SI-GA\|SI-NA" "$SampSheet" | wc -l)
ignore=()
# check if single indexes.
if [ "$index8" -gt 0 ]; then
   ignore=(--filter-single-index)
else
  ignore=(--filter-dual-index)
fi
   

# 用数组存储命令参数
cmd=(
    cellranger mkfastq
    --run="$RunDir"
    --output-dir="$OutDir"
    --csv="$SampSheet"
    --localcores=8
    --localmem=40
    "${ignore[@]}"
    --barcode-mismatches=0
)

# 打印命令
printf '%s ' "${cmd[@]}"
echo

# 执行命令
"${cmd[@]}"

关键修改点 #

1. 将ignore从字符串改为数组，避免参数解析时的空格分割问题
2. 用数组cmd存储整个命令的所有参数，每个参数单独一行更易维护
3. 执行命令时用"${cmd[@]}"展开数组，确保每个参数被正确传递，包括含空格的路径
4. 用$(...)替代反引号`...`，这是更现代、更安全的命令替换写法
5. 用-z判断变量是否为空，比直接比较空字符串更规范

内容的提问来源于stack exchange，提问作者pythonbeginner