使用SpatialDE分析anndata无结果的技术求助

我在服务器上尝试用SpatialDE评估AnnData数据，已将adata.X转换为DataFrame格式的counts_before，adata.obsm['spatial']转换为coord_before，调用SpatialDE.run执行分析后未得到任何结果。

运行代码 #

import SpatialDE
import numpy as np
import anndata
import scanpy as sc
import cv2
from sklearn.metrics import silhouette_score
from sklearn import metrics
import pandas as pd
from decimal import Decimal, ROUND_HALF_UP

mousebrain_after_normalization_path='/home/user/imputation_test_data/MouseBrain_D1_normalization.h5ad'
adata_before = anndata.read_h5ad(mousebrain_after_normalization_path)

counts_before = pd.DataFrame(adata_before.X, columns=adata_before.var_names, index=adata_before.obs_names)
coord_before = pd.DataFrame(adata_before.obsm['spatial'], columns=['x', 'y'], index=adata_before.obs_names)
result_before = SpatialDE.run(coord_before, counts_before)

adata_before.obsm['spatialDE_result'] = result_before

排查方向 #

• 检查数据类型与内容：SpatialDE要求输入的表达矩阵应为原始计数（整数型），如果用了归一化后的浮点型数据，可能不符合模型假设导致无输出；同时确认counts_before和coord_before无缺失值（NaN）、异常值（如坐标负数、表达量极大值）。
• 查看运行报错信息：服务器终端运行时是否有隐性报错？比如内存不足、依赖库版本冲突（如numpy、pandas版本不匹配SpatialDE要求）。
• 缩小数据规模测试：选取少量基因（比如10个）和样本运行，验证是否能得到结果，排除数据量过大导致的计算阻塞。
• 确认坐标格式：coord_before的x、y列必须是数值类型，且索引与counts_before完全对齐，否则会导致匹配失败无结果。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者吕同轩