使用qqman包绘制曼哈顿图报错：need finite 'ylim' values

问题描述 #

我使用qqman包基于4组不同的汇总统计量绘制曼哈顿图，前两张图正常生成无报错，但第三张图执行时出现报错。搜索报错信息后得知可能是数据中存在非数值型值，但检查后发现仅SNP列不是数值型，而前两张图的数据集同样存在这个情况。

绘制前两张图和第三张图的代码完全一致，仅替换了文件名和图名中的数字，代码如下：

data = fread("/z/Comp/lu_group/Members/jwlorge/ATN/scripts/data/temp_gwas/output_3/all_chunks_output_3.txt.gz", fill=TRUE, header=TRUE)
data$CHR = as.numeric(as.factor(data$CHR))
data$BP = as.numeric(data$BP)
data$Pval_Estimate = as.numeric(data$Pval_Estimate)
s = length(unique(data$SNP))
jpeg('corrplot3.jpg')
manhattan(data,chr="CHR", bp="BP", p="Pval_Estimate", na.action=TRUE, main = "Factor 3", sub = paste0(s, " SNPs"))
dev.off()

报错出现在manhattan()函数执行阶段，完整报错信息：

Error in plot.window(...) : need finite 'ylim' values
Calls: manhattan ... do.call -> plot -> plot.default -> localWindow -> plot.window

可能的原因及排查修复步骤 #

• P值列存在异常值：曼哈顿图的Y轴基于-log10(P值)计算，若第三组数据的Pval_Estimate列出现以下情况，会导致Y轴范围无法确定：
  • 所有P值均为1（-log10(1)=0，无有效波动范围）
  • 存在大于1或小于0的非法P值（会导致-log10()返回Inf或NaN）
  • 大量/全部P值为NA（转换numeric时产生的无效值）
    运行以下代码排查：

  # 查看P值的有效范围
  range(data$Pval_Estimate, na.rm = TRUE)
  # 统计P值列的NA数量
  sum(is.na(data$Pval_Estimate))
  # 统计非法P值的数量
  sum(data$Pval_Estimate > 1 | data$Pval_Estimate < 0, na.rm = TRUE)
  

• 染色体或碱基对列无有效数据：若CHR或BP列全部为NA，或没有有效数值，会导致绘图时无法确定X轴范围，进而影响Y轴计算。排查代码：

  sum(is.na(data$CHR))
  sum(is.na(data$BP))
  

• na.action参数设置错误：na.action参数需要传入处理NA的函数（如na.omit），而非布尔值TRUE。错误的参数会导致无效数据未被过滤，进而干扰坐标轴计算。修改为：

  manhattan(data,chr="CHR", bp="BP", p="Pval_Estimate", na.action=na.omit, main = "Factor 3", sub = paste0(s, " SNPs"))
  

• 数据集为空或无有效行：检查第三组数据的读取结果，是否存在读取后数据为空的情况：

  nrow(data)
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Johnny