如何用awk提取file.txt中最后一列含gene_type=transcribed_unprocessed的行？

原命令失败原因 #

• 第一个命令误用了Shell的[[ ]]语法：awk有独立的条件判断逻辑，不支持bash的[[ ]]语法，导致命令无法正确执行。
• 第二个命令错误指定分隔符：原文件的列分隔符是空白（制表符/空格），但你用-F,将逗号设为分隔符，整行被识别为第1列，$9不存在，自然无匹配结果。

正确命令 #

方法1：正则匹配（推荐） #

awk '$9 ~ /gene_type=transcribed_unprocessed/' file.txt > output.txt

awk默认以空白作为列分隔符，$9对应第9列，~ /pattern/用于判断列内容是否匹配目标正则，这里直接匹配指定字符串即可。

方法2：用index函数判断子串存在 #

awk 'index($9, "gene_type=transcribed_unprocessed") > 0' file.txt > output.txt

index($9, "目标字符串")返回目标字符串在$9中的起始位置，返回值大于0即表示该子串存在。

执行上述任意命令后，output.txt会包含你需要的第1、3、4、6行。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者beepboopbeep