如何创建仅包含多深度存在物种的新DataFrame？

针对你的需求，我们可以通过以下步骤在R中实现目标筛选：

1. 识别符合条件的物种 #

我们需要找出那些在至少两个不同深度中存在非零丰度的物种。可以按深度分组，统计每个物种在多少个深度出现过非零值：

# 先安装并加载dplyr包（未安装则运行 install.packages("dplyr")）
library(dplyr)

# 按depth分组，统计每个物种在不同深度的非零出现次数
species_depth_count <- df1 %>%
  group_by(depth) %>%
  summarise(across(starts_with("sp"), ~any(. > 0))) %>%
  summarise(across(starts_with("sp"), sum))

# 筛选出在≥2个深度出现的物种
selected_species <- names(species_depth_count)[species_depth_count >= 2]

2. 生成目标DataFrame #

保留原数据的sample和depth列，加上筛选后的物种列：

df2 <- df1 %>%
  select(sample, depth, all_of(selected_species))

验证结果 #

运行后打印df2即可确认结果与你提供的示例一致：

print(df2)

输出：

sample depth sp2 sp4
1      a    10   1   1
2      b    20   4   0
3      c    30   6   5
4      d    10   5   4
5      e    20   3   3
6      f    30   1   7
7      g    10   5   8
8      h    20   6   4
9      i    30   4   1

内容的提问来源于stack exchange，提问作者mbroadribb