使用ggplot2 geom_tile绘制互斥/共现图时排序轴标签致异常

我来帮你搞定这个三角图错位的问题！你的核心问题在于x轴和y轴的刻度排序没有完全对应，加上没有过滤掉非三角区域的配对，导致tile位置混乱。下面是一步步的修复方案：

1. 统一轴的排序规则 #

首先，我们需要让x轴和y轴使用完全一致的事件排序，只是y轴反转显示，这样才能保证每个tile的位置准确对应：

library(gtools)
library(dplyr)
library(ggplot2)

# 读取你的数据集（假设你已经加载了cooccur.table）
# cooccur.table <- read.table("你的数据路径", header = T, stringsAsFactors = F)

# 对所有事件（Event1和Event2的并集）进行混合排序，得到统一的顺序
all_events <- mixedsort(unique(c(cooccur.table$Event1, cooccur.table$Event2)))

# 设置x轴为升序的因子
cooccur.table$Event1 <- factor(cooccur.table$Event1, levels = all_events)
# 设置y轴为降序的因子（反转all_events，保证和x轴刻度一一对应）
cooccur.table$Event2 <- factor(cooccur.table$Event2, levels = rev(all_events))

2. 过滤出三角区域的配对 #

因为你要的是三角图，我们需要保留非重复的配对区域（比如下三角或上三角），避免重复显示对称的tile：

# 给每个事件分配排序索引，方便筛选三角区域
event_order <- tibble(Event = all_events, order = 1:length(all_events))

# 合并索引到原数据集，获取每个事件的排序位置
cooccur.table <- cooccur.table %>%
  left_join(event_order, by = c("Event1" = "Event")) %>%
  rename(order1 = order) %>%
  left_join(event_order, by = c("Event2" = "Event")) %>%
  rename(order2 = order)

# 筛选下三角区域（根据需求可改成order1 < order2保留上三角）
cooccur_tri <- cooccur.table %>% filter(order1 > order2)

3. 绘制正确的三角图 #

现在用过滤后的数据集绘图，就能得到对齐准确的三角热图了：

ggplot(cooccur_tri, aes(x = Event1, y = Event2, fill = label)) + 
  geom_tile(colour = "black") + 
  coord_equal() + 
  # 自定义颜色（保留你的原设置，可按需调整）
  scale_fill_manual(values = c("#08d9d6", "#e84a5f", "#ffffff"), 
                    labels = c("共现", "互斥", "无")) + 
  # 调整主题，优化显示效果
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1, size = 8), 
        axis.text.y = element_text(hjust = 1, size = 8), 
        legend.position = "right", 
        axis.line = element_line(size = 0.2), 
        axis.ticks = element_blank(),
        panel.background = element_blank()) +
  labs(x = "染色体臂事件1", y = "染色体臂事件2", fill = "关系类型")

关键说明 #

• 统一x/y轴的排序是解决错位的核心：只有两个轴的刻度一一对应，tile才能准确落在对应的交叉位置。
• 筛选三角区域可以避免重复显示对称配对（比如A-B和B-A），让图更简洁清晰。
• 如果你的数据里没有对称配对，也可以跳过过滤步骤，直接用修正排序后的原数据集绘图。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Mateo Kee