编译更新hdf5r失败求助：架构不匹配及符号缺失问题

一、架构不匹配问题（x86_64 vs arm64） #

核心问题是R编译架构与Homebrew安装的hdf5架构不兼容——你的R是x86_64版本，但M系列Mac上Homebrew默认安装arm64版本的hdf5，可通过以下两种方式解决：

1. 切换到arm64版本的R #

• 从R官网下载arm64版本的R安装包（文件名含aarch64标识），替换当前x86_64版本。
• 重启R后重新执行安装命令：

  install.packages("hdf5r", configure.args = "--with-hdf5=/opt/homebrew/Cellar/hdf5/1.12.2_2/bin/h5cc")
  

2. 安装x86_64版本的hdf5 #

若不想更换R版本，通过x86_64环境的Homebrew安装对应架构的hdf5：

• 打开终端，切换到x86_64的Homebrew环境：

  arch -x86_64 /usr/local/bin/brew install hdf5
  

• 在R中指定x86_64版本的hdf5路径重新安装：

  install.packages("hdf5r", configure.args = "--with-hdf5=/usr/local/Cellar/hdf5/[你的实际版本号]/bin/h5cc")
  

  注意替换[你的实际版本号]为安装后的hdf5版本（如1.12.2_2）。

二、缺失符号_H5P_CLS_ATTRIBUTE_CREATE_ID_g问题 #

该错误多由架构不兼容或hdf5版本与hdf5r不匹配导致，解决完架构问题后通常会自动消失。若仍存在：

• 确认hdf5版本为hdf5r支持的版本（一般要求1.10及以上）。
• 卸载现有hdf5r并清理残留后重装：

  remove.packages("hdf5r")
  install.packages("hdf5r", configure.args = "[正确的hdf5路径]", clean = TRUE)
  

三、00LOCK路径不存在问题 #

这个临时目录是R安装包时自动生成的，不存在多因权限问题或安装中断导致，可通过以下方式处理：

• 在R中手动创建临时目录并设置权限：

  temp_dir <- file.path(tempdir(), "00LOCK-hdf5r")
  dir.create(temp_dir, recursive = TRUE, showWarnings = FALSE)
  Sys.chmod(temp_dir, mode = "0755")
  

• 或直接跳过锁机制执行安装：

  install.packages("hdf5r", configure.args = "[正确的hdf5路径]", INSTALL_opts = "--no-lock")
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者gb0413