如何为scipy的binned_statistic_2d正确定义自定义函数？

你遇到的报错核心原因是：使用自定义统计函数时，不能将values参数设为None。

scipy内置的'count'是特殊逻辑，允许values为空，直接统计每个bin内的样本点数量；而自定义函数会触发源码中的长度检查，要求values的长度必须和x、y数组的长度一致。

正确实现方式 #

要复现count的功能，需要给values传入一个和x/y同长度的数组（比如直接传入x、y，或者全1数组），然后在自定义函数中统计传入数组的元素数量：

from scipy import stats
import numpy as np

def custom_count(values):
    # 用np.size适配numpy数组，len(values)也可正常工作
    return np.size(values)

x = [0.1, 0.1, 0.1, 0.6]
y = [2.1, 2.6, 2.1, 2.1]
binx = [0.0, 0.5, 1.0]
biny = [2.0, 2.5, 3.0]

# 传入values参数，这里直接用x即可，长度和x、y一致
ret = stats.binned_statistic_2d(x, y, values=x, statistic=custom_count, bins=[binx, biny])
# 输出结果和内置count完全一致
print(ret.statistic)

原理说明 #

自定义统计函数的输入是每个bin内对应的values子集（一维数组），输出单个统计量。当你传入values=x后，每个bin会收到该bin内所有x的取值，我们统计这个子集的元素数量就等同于样本点的计数。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者gammapoint