pyiron中VASP失败计算排查:重启改参及错误报告查询
处理pyiron中Aborted计算的重启与参数修改
1. 循环重启并修改输入参数
首先筛选出所有状态为aborted的作业:
proj_df = pr.job_table() aborted_jobs = proj_df[proj_df["status"] == "aborted"]
遍历这些作业,加载后修改参数并重启计算:
for job_id in aborted_jobs["id"]: # 通过作业ID加载目标计算 job = pr.load(job_id) # 修改INCAR参数,示例:调整截断能ENCUT和应力弛豫模式ISIF job.input.incar.update({"ENCUT": 500, "ISIF": 3}) # 启用重启模式(基于已有结果继续计算) job.restart() # 提交修改后的计算 job.run()
如果需要完全从头重新运行(而非基于之前的计算结果),可以将job.restart()替换为job.reset(),重置作业状态后再提交。
2. Notebook端查看错误报告
pyiron支持直接在Notebook内查看错误信息,无需手动打开项目文件夹中的原始文件:
- 查看作业的错误描述:
job = pr.load(job_id) print(job.output.error)
- 查看作业运行的完整日志:
job.log()
- 获取状态的详细说明:
print(job.status_description())
若需要查看原始输出文件(如OUTCAR、ERRAR)的完整内容,也可以在Notebook中直接读取:
# 读取OUTCAR文件 with open(job.working_directory + "/OUTCAR", "r") as f: print(f.read())
内容的提问来源于stack exchange,提问作者Ligerzero
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