如何通过Nextflow配置文件用同一标签发布两类结果目录？

你遇到的问题是因为同一个withLabel : x块被重复定义，第二次的publishDir会直接覆盖第一次的配置。要实现同标签下不同文件发布到不同目录，只需把多个publishDir规则放在同一个withLabel块的数组里即可，不需要拆分两个独立的withLabel块。

修改后的配置文件如下：

process {
    withLabel : x {
        publishDir = [
            // 处理结果文件夹的规则
            [
                path: {"$params.outdir/"},
                pattern: "*_results",
                mode: 'copy',
                saveAs: { filename -> "${filename.split('_')[0]}/all_results/${filename.split('_')[1]}" }
            ],
            // 处理日志文件的规则
            [
                path: {"$params.outdir/"},
                pattern: "*.log",
                mode: 'copy',
                saveAs: { filename -> "${filename.split('_')[0]}/logs/${filename}" }
            ]
        ]
    }
}

关键说明： #

• Nextflow允许将多个publishDir配置作为数组元素传入，每个元素对应一套发布规则
• 流程输出的test_results会匹配第一个规则，被发布到${params.outdir}/test/all_results/results
• 流程输出的test_log.log会匹配第二个规则，被发布到${params.outdir}/test/logs/test_log.log
• 未匹配任何pattern的输出（比如something_for_next_process）不会被自动发布，符合你原流程的需求

内容的提问来源于stack exchange，提问作者mehmet