R语言按组统计多列有效观测数并生成新列的问题

你的问题出在两个核心点：

1. 无需提前复制原始列并命名为含Count的列，直接针对原问题列（Question开头的列）处理即可，多此一举反而容易引发错误。
2. 匿名函数里的.指代的是整个分组后的数据集，而非当前遍历的列x，所以sum(!is.na(.))计算的是分组内所有列的非NA总数，自然所有行的数值完全一致。

修正方案（推荐，一步完成双指标计算） #

直接在同一个group_by操作里同时计算平均值和有效观测数，不需要额外复制列，代码更简洁高效：

df <- df %>%
  group_by(Organization, Year) %>%
  mutate(
    # 计算每个问题列的分组平均值
    across(contains('Question'), mean, na.rm = TRUE, .names = "{.col}_average"),
    # 计算每个问题列的分组有效观测数（非NA的数量）
    across(contains('Question'), ~sum(!is.na(.x)), .names = "{.col}_ncount")
  ) %>%
  ungroup()

若坚持使用提前复制的Count列（不推荐） #

如果你一定要保留之前复制的Count列，需要把匿名函数里的.明确替换为当前列参数.x：

df <- df %>%
  group_by(Organization, Year) %>%
  mutate(across(contains('Count'), ~sum(!is.na(.x)), .names = "{.col}_ncount")) %>%
  ungroup()

这里的~sum(!is.na(.x))是function(x) sum(!is.na(x))的简写，.x会精准指向当前遍历的列，从而正确统计该列在分组内的有效观测数。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者vp2019