如何在R Markdown中仅将toc_depth设置为2级目录？

默认设置toc_depth: 2会同时包含1级和2级标题的目录项，要只保留2级目录，有两种实用方法：

方法1：用自定义CSS隐藏1级目录 #

这种方法最简单，直接在R Markdown文档中添加一段CSS代码，视觉上隐藏1级目录项，并调整2级项的缩进使其对齐：

<style>
/* 隐藏所有1级目录条目 */
.tocify-item.level-1 {
  display: none;
}
/* 移除2级目录的默认缩进，让它对齐原1级位置 */
.tocify-item.level-2 {
  margin-left: 0;
}
</style>

把这段代码放在YAML配置块之后、正文内容之前即可。

方法2：用Pandoc Lua过滤器修改目录生成逻辑 #

如果需要从根源上移除1级标题的目录项（而非仅视觉隐藏），可以用Lua过滤器调整标题的层级和目录属性：

1. 创建一个名为toc-only-level2.lua的文件，写入以下内容：

function Header(el)
  -- 将2级标题提升为目录的顶级项
  if el.level == 2 then
    el.level = 1
  -- 让原1级标题不加入目录
  elseif el.level == 1 then
    el.attributes["toc"] = "false"
  end
  return el
end

2. 在R Markdown的YAML配置中指定这个过滤器，并设置toc_depth: 1：

---
title: "Habits"
output:
  html_document:
    toc: true
    toc_depth: 1
    pandoc_args: ["--lua-filter=toc-only-level2.lua"]
---

这样生成的目录只会包含原2级标题的条目，原1级标题不会出现在目录中。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者prdel99