R语言as.matrix()报错解决：18S数据OTU表创建问题排查

问题背景 #

处理带bootstrap置信度的18S测序分类/序列表时，执行生成OTU表的代码触发如下报错：

Error in h(simpleError(msg, call)) :
error in evaluating the argument 'object' in selecting a method for function 'otu_table': error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'as.matrix': `.data` must be a data frame without row names.

报错原因 #

原数据框本身已存在行名（长序列字符串），执行column_to_rownames("OTUNumber")替换行名后，数据框仍保留行名属性，后续as.matrix处理时触发dplyr的限制——要求输入无行名的数据框。

修正方案 #

调整操作顺序，先筛选出非bootstrap的样本计数数值列，再设置OTU编号为行名，最后转换为矩阵并生成otu_table：

OTU <- seqtab.nochim_18S %>%  
  # 筛选数值型列，排除带_boot后缀的bootstrap置信度列
  select(where(is.numeric), -contains("_boot")) %>%
  # 将OTUNumber设为行名，自动移除原有行名
  column_to_rownames("OTUNumber") %>% 
  as.matrix() %>%  
  otu_table(taxa_are_rows = TRUE)

补充说明 #

如果需要保留分类信息（Kingdom、Genus等），需单独提取为分类注释表，OTU表仅需保留样本计数数据即可，两者通过OTU编号关联。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者NOCTA