Ubuntu16.04下用Anaconda3安装FiPy的最佳方案及冲突解决

问题描述 #

在Ubuntu 16.04机器上尝试用Anaconda3安装FiPy，执行以下命令时出现大量包冲突：

conda create --name FIPY --channel conda-forge python=3 fipy numpy scipy matplotlib pysparse gmsh

冲突错误信息如下：

Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: - 
Found conflicts! Looking for incompatible packages.
This can take several minutes.  Press CTRL-C to abort.
failed                                                                                               

UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible with each other:

Output in format: Requested package -> Available versions

Package libstdcxx-ng conflicts for:
numpy -> python[version='>=3.8,<3.9.0a0'] -> libstdcxx-ng[version='>=7.2.0|>=9.3.0']
matplotlib -> libstdcxx-ng[version='>=7.2.0|>=7.3.0']
gmsh -> libstdcxx-ng[version='>=10.3.0|>=12|>=9.4.0|>=9.3.0|>=7.5.0|>=7.3.0']
gmsh -> libglu -> libstdcxx-ng[version='>=4.9|>=7.2.0']
pysparse -> numpy[version='>=1.9.3,<2.0a0'] -> libstdcxx-ng[version='>=10.3.0|>=12|>=9.4.0|>=7.3.0|>=4.9|>=11.2.0|>=7.5.0|>=7.2.0']
scipy -> libstdcxx-ng[version='>=10.3.0|>=12|>=9.4.0|>=9.3.0|>=7.5.0|>=7.3.0|>=4.9|>=11.2.0|>=7.2.0']
numpy -> libstdcxx-ng[version='>=10.3.0|>=12|>=9.4.0|>=7.3.0|>=4.9|>=11.2.0|>=7.5.0']
python=3 -> libstdcxx-ng[version='>=11.2.0|>=4.9|>=7.3.0|>=7.5.0|>=9.3.0|>=9.4.0|>=7.2.0']
matplotlib -> matplotlib-base[version='>=3.6.0,<3.6.1.0a0'] -> libstdcxx-ng[version='>=10.3.0|>=12|>=7.5.0|>=4.9|>=11.2.0|>=9.3.0|>=9.4.0']
fipy -> matplotlib-base -> libstdcxx-ng[version='>=10.3.0|>=12|>=9.4.0|>=9.3.0|>=7.5.0|>=7.3.0|>=11.2.0|>=4.9|>=7.2.0']

Package python conflicts for:
pysparse -> numpy[version='>=1.9.3,<2.0a0'] -> python[version='2.7.*|3.5.*|3.6.*|>=3.10,<3.11.0a0|>=3.8,<3.9.0a0|>=3.9,<3.10.0a0|>=3.7,<3.8.0a0|>=3.6,<3.7.0a0|>=3.5,<3.6.0a0|3.4.*']
scipy -> python[version='2.7.*|3.5.*|3.6.*|>=2.7,<2.8.0a0|>=3.10,<3.11.0a0|>=3.8,<3.9.0a0|>=3.9,<3.10.0a0|>=3.7,<3.8.0a0|>=3.6,<3.7.0a0|>=3.5,<3.6.0a0|3.4.*']
python=3
numpy -> python_abi=3.8[build=*_cp38] -> python[version='3.10.*|3.8.*|3.9.*|3.7.*']
fipy -> future -> python[version='2.7.*|3.4.*|3.5.*|3.6.*|>=3.5,<3.6.0a0|>=3.6|>=2.7|3.7.*|3.10.*|3.8.*|3.9.*']
numpy -> python[version='2.7.*|3.5.*|3.6.*|>=2.7,<2.8.0a0|>=3.10,<3.11.0a0|>=3.8,<3.9.0a0|>=3.9,<3.10.0a0|>=3.7,<3.8.0a0|>=3.6,<3.7.0a0|>=3.5,<3.6.0a0|3.4.*']
scipy -> python_abi=3.8[build=*_cp38] -> python[version='3.10.*|3.8.*|3.9.*|3.7.*']
matplotlib -> pyqt -> python[version='3.10.*|3.6.*|3.9.*|3.8.*|3.7.*|>=3.6|>=3.0,<=3.9|>=3|>=3.8|<3']
matplotlib -> python[version='2.7.*|3.4.*|3.5.*|>=2.7,<2.8.0a0|>=3.10,<3.11.0a0|>=3.9,<3.10.0a0|>=3.8,<3.9.0a0|>=3.7,<3.8.0a0|>=3.6,<3.7.0a0|>=3.5,<3.6.0a0']
fipy -> python[version='>=2.7,<2.8.0a0|>=3.10,<3.11.0a0|>=3.7,<3.8.0a0|>=3.8,<3.9.0a0|>=3.9,<3.10.0a0|>=3.6,<3.7.0a0']
pysparse -> python[version='>=2.7,<2.8.0a0'] 

执行conda activate FIPY时提示环境不存在：

Could not find conda environment: FIPY
You can list all discoverable environments with `conda info --envs`.

解决方案 #

关于Python2.7环境的疑问 #

不需要单独创建Python2.7环境，通过以下步骤在Python3环境下即可成功安装。

可行安装步骤（亲测有效） #

在Ubuntu 16.04（base环境为Python3.x）下，按照Anaconda官方推荐步骤安装：

1. 创建新环境：

   conda create -n fipy
   

   （可替换fipy为自定义环境名称）
2. 激活新环境：

   conda activate fipy
   

3. 从conda-forge安装FiPy：

   conda install -c conda-forge fipy
   

注意事项 #

• 不要直接在base环境执行conda install -c conda-forge fipy，会触发包冲突。
• 原命令冲突原因在于一次性指定过多依赖包，conda无法为Ubuntu 16.04的旧系统版本协调出兼容的依赖组合；通过先创建空环境再单独安装FiPy，conda会自动处理所有兼容依赖的安装。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Deb S. B.