在RStudio中通过reticulate安装gseapy遇PackagesNotFoundError的解决方法

在RStudio中运行以下代码安装gseapy时出现PackagesNotFoundError，提示当前conda频道无法找到该包：

library(reticulate)
use_condaenv('/home/user/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate')
conda_install("r-reticulate", "gseapy")

gseapy不在默认的conda官方频道中，可通过以下两种方式解决：

方案1：用pip安装（推荐） #

直接通过reticulate调用pip安装，兼容性更好：

library(reticulate)
use_condaenv('/home/user/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate')
py_install("gseapy", method = "pip")

方案2：添加bioconda频道后用conda安装 #

gseapy托管在bioconda频道，先添加频道再安装：

library(reticulate)
use_condaenv('/home/user/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate')
conda_install("r-reticulate", "gseapy", channels = c("bioconda", "conda-forge"))

也可以先在终端给目标conda环境添加频道，再回到R中执行安装：

conda activate r-reticulate
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda install gseapy

安装完成后，在R中执行以下代码验证是否成功导入：

library(reticulate)
gseapy <- import("gseapy")

无报错则说明安装成功。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Nmgh