R语言：设置date因子后ggplot柱状图未按日期排序的问题求助

你遇到的核心问题是：虽然你调整了date的因子水平，但你的ggplot x轴用的是treatment.tx，而非date——所以修改date的顺序并不会直接改变x轴柱子的排列顺序。要让柱子按date排序，我们需要把treatment.tx的因子水平按照其对应的date顺序重新排列。

下面是具体的解决步骤：

步骤1：重新排序treatment.tx的因子水平 #

首先，我们基于date的顺序对treatment.tx进行排序，然后将treatment.tx转换为因子，把排序后的结果作为它的水平：

library(dplyr)

# 先确保date的因子水平是你想要的顺序
bioassay$date <- factor(bioassay$date, levels = c("200507", "200527", "200702"))

# 按照date的顺序对treatment.tx排序，并设置为因子
bioassay <- bioassay %>%
  arrange(date) %>%
  mutate(treatment.tx = factor(treatment.tx, levels = unique(treatment.tx)))

这里arrange(date)会先按date的顺序排列整个数据集，然后mutate把treatment.tx转成因子，水平就是排序后的唯一值——这样treatment.tx的顺序就和date的顺序完全对应上了。

步骤2：使用处理后的数据集绘图 #

现在用这个处理好的数据集运行你的ggplot代码，柱子就会按照date的顺序排列了：

library(ggplot2)

ggplot(data = bioassay, aes(fill = combinedwith.tx, x = treatment.tx, y = mean_hatch)) +
  geom_bar(stat = 'identity', width = 0.5, alpha = 0.5) +
  geom_errorbar(aes(ymin = mean_hatch - stdev_hatch, ymax = mean_hatch + stdev_hatch), 
                width = 0.2, size = 0.5) +
  theme_light() +
  labs(fill = "combined with") +
  theme(text = element_text(size = 15), 
        axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1)) +
  scale_fill_manual(values = c("yellow2", "darkgreen", "red2", "blue", "grey0")) +
  scale_x_discrete(name = "combined with inhibitor") +
  scale_y_continuous(name = 'hatching (%)', limits = c(0, 66), 
                     breaks = c(0, 20, 40, 60)) # 移除了超出y轴范围的breaks，让刻度更合理

为什么之前的方法没用？ #

你的代码只修改了date的因子水平，但ggplot的x轴是treatment.tx——这个变量的默认顺序是它在数据集中首次出现的顺序，和date的顺序无关。只有当你把treatment.tx的因子水平设置为按date排序后的顺序，ggplot才会按照这个顺序绘制柱子。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Lieke