如何用Bash基于键值对文本文件批量重命名Fastq文件？

问题背景 #

现有Fastq文件目录结构：

./PBMCs/SRR1_1.fastq
./PBMCs/SRR1_2.fastq
./Monos/SRR2.fastq
./Monos/SRR3.fastq

有一份键值对映射文件（假设命名为name_map.txt），内容如下：

SRR1 pbmc-1
SRR2 mono-1
SRR3 mono-2

需要将文件名中的SRR#替换为对应映射名称，最终得到：

./PBMCs/pbmc-1_1.fastq
./PBMCs/pbmc-1_2.fastq
./Monos/mono-1.fastq
./Monos/mono-2.fastq

你原本的「遍历文件+遍历映射行替换」思路是可行的，但效率偏低，更高效的方式是先把映射加载到内存，再批量处理文件。

解决方案（Bash脚本实现） #

步骤1：编写脚本 #

创建rename_fastq.sh脚本，内容如下：

#!/bin/bash

# 检查映射文件是否存在
if [ ! -f "name_map.txt" ]; then
    echo "错误：映射文件name_map.txt不存在"
    exit 1
fi

# 加载映射到关联数组
declare -A name_map
while read -r old_name new_name; do
    name_map["$old_name"]="$new_name"
done < "name_map.txt"

# 遍历所有fastq文件
find . -type f -name "*.fastq" | while read -r file_path; do
    filename=$(basename "$file_path")
    # 匹配映射中的旧名称并替换
    for old in "${!name_map[@]}"; do
        if [[ "$filename" == "$old"* ]]; then
            new_filename="${filename/$old/${name_map[$old]}}"
            new_file_path=$(dirname "$file_path")/"$new_filename"
            # 执行重命名（预览模式可改为echo mv）
            mv "$file_path" "$new_file_path"
            echo "已重命名：$file_path -> $new_file_path"
            break
        fi
    done
done

步骤2：执行脚本 #

1. 给脚本添加执行权限：

chmod +x rename_fastq.sh

2. 确保name_map.txt和脚本在同一目录，运行脚本：

./rename_fastq.sh

补充说明 #

• 脚本会递归查找当前目录下所有.fastq文件，无需手动逐个指定
• 先将映射文件加载到关联数组，避免重复遍历映射行，提升处理效率
• 若想先预览重命名结果，可将脚本中的mv改为echo mv，此时仅输出操作内容，不会实际修改文件

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Emalek