如何让pkgdown在vignettes中使用图编号与交叉引用？

1. 在_pkgdown.yml中配置bookdown输出格式 #

要让pkgdown使用bookdown格式构建vignettes以支持图编号和交叉引用，需在_pkgdown.yml中添加以下配置：

vignettes:
  output:
    bookdown::html_document2:
      base_format: rmarkdown::html_vignette
      fig_caption: true
      toc: true

该配置会让pkgdown构建vignettes时采用bookdown::html_document2作为输出格式，继承html_vignette的样式，同时启用图标题和目录功能，为交叉引用生效提供基础。

2. 处理chunk标签的横杠问题 #

你的chunk标签使用横杠（如plastic1-HE3D）在bookdown中是支持的，但需保证引用格式完全匹配：引用时严格使用\@ref(fig:plastic1-HE3D)，标签的大小写、符号都不能出错。

另外要注意，每个图的chunk标签必须唯一，重复标签会导致交叉引用异常。

3. 验证与重新构建 #

• 确保安装最新版本的bookdown和pkgdown：

  install.packages(c("bookdown", "pkgdown"))
  

• 清理旧构建缓存并重新构建站点：

  pkgdown::clean_site()
  pkgdown::build_site()
  

完成以上操作后，图的编号和交叉引用即可在pkgdown站点中正常显示。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user101089