如何在R脚本f2.R中执行外部Rmd文件f1.Rmd的所有R代码块并保留变量？

要在f2.R中执行f1.Rmd的所有R代码块并保留变量，直接用knitr包的purl函数即可，步骤如下：

• 先确保环境中安装了knitr包，未安装则先完成安装
• 提取f1.Rmd中的代码块并在当前会话执行

具体在f2.R中写入以下代码：

# 检查并安装knitr包
if (!requireNamespace("knitr", quietly = TRUE)) {
  install.packages("knitr")
}
library(knitr)

# 提取f1.Rmd的代码块并在当前会话执行，变量保留
temp_script <- purl("f1.Rmd", output = tempfile(), quiet = TRUE)
source(temp_script, local = TRUE)

说明 #

• purl函数会自动提取f1.Rmd中所有**未设置eval=FALSE**的R代码块，生成临时R脚本，和RStudio"运行以下所有代码块"的逻辑完全一致
• source(temp_script, local = TRUE)确保代码在当前R会话的环境中执行，所有生成的变量都会保留在全局环境（或当前调用环境）中

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Gilles