rgdal退役后：替换spTransform函数，调整GBIF数据过滤代码

原代码依赖的rgdal、rgeos包已停止维护，且sf包的函数不兼容旧的Spatial类对象，因此需要全程使用sf的空间对象体系来重构代码，以下是调整后的完整方案：

步骤1：加载所需包 #

library(sf)
library(dplyr)

步骤2：将GBIF数据转换为sf空间点对象 #

直接从原数据框sp_gbif创建sf对象，无需先转成SpatialPointsDataFrame：

# 从sp_gbif创建sf点对象，指定经纬度列和WGS84坐标系（EPSG:4326）
occ_sf <- st_as_sf(sp_gbif, coords = c("lon", "lat"), crs = 4326)

步骤3：将旧的Spatial多边形转换为sf对象 #

把原shape（SpatialPolygonsDataFrame）转成sf格式：

shape_sf <- st_as_sf(shape)

# 若需要统一投影（原数据CRS已一致，此步可省略）
# occ_sf <- st_transform(occ_sf, st_crs(shape_sf))

步骤4：筛选落在多边形内的GBIF记录 #

用st_filter替代原代码的gIntersects，直接筛选出在多边形范围内的点：

# 筛选与shape多边形相交的点
inside_sf <- st_filter(occ_sf, shape_sf, .predicate = st_intersects)

步骤5：关联回原完整数据集 #

移除sf对象的空间属性后，通过gbifID关联原数据，得到最终筛选结果：

final.gbif <- sp_gbif %>% 
  semi_join(inside_sf %>% st_drop_geometry(), by = "gbifID")

# 查看结果
head(final.gbif)

关键说明 #

• 全程使用sf空间对象，彻底避免了sp与sf对象混用的兼容性问题
• st_as_sf支持直接从普通数据框或旧的Spatial对象转换为sf格式
• st_filter结合st_intersects的逻辑，完全等价于原代码中gIntersects的筛选效果
• st_drop_geometry用于剥离sf对象的空间信息，得到可用于关联的普通数据框

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Mike