Bash解析SDF文件时无法忽略空格，Ki(nM)字段无法输出求助

问题分析 #

你的awk代码存在两个核心问题：

• 标签提取不完整：原代码用$2获取SDF的标签，但像<Ki (nM)>这类包含空格的标签，会被awk默认的空白分隔符拆分成多个字段，导致只取到<Ki，无法匹配后续调用的<Ki (nM)>键。
• 值的前后空白处理：虽然awk默认会忽略值的前导空白，但统一处理前后空白能避免其他异常情况。

修正后的awk代码 #

awk -v OFS='\t' '
    /^>/ {
        # 提取完整标签：去掉开头的"> "，保留从<到>的完整内容
        sub(/^> /, "", $0)
        tag = $0
        next
    }
    NF {
        # 去除值的前后空白后存入数组
        val = $0
        gsub(/^[[:space:]]+|[[:space:]]+$/, "", val)
        f[tag] = val
    }
    $0 == "$$$$" {
        print f["<pH>"], f["<PMID>"], f["<Ki (nM)>"]
    }
' P46098.sdf

代码说明 #

• 标签提取：用sub(/^> /, "", $0)去掉行首的> ，直接将整行剩余内容作为完整标签，避免空格分割导致的标签截断。
• 值处理：用gsub去除值的前后空白，确保像 0.0316这类带前导空格的内容能被正确存储为0.0316。
• 触发输出：当遇到SDF文件的分隔符$$$$时，输出目标字段。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user18671571