ggplot分组并列柱状图技术问题：合并坐标轴与保留0%值

需要绘制每个group旁并列显示IT和PT两组的填充式柱状图，当前脚本如下：

ggplot(score, aes(group, IT, fill = stain)) +
    geom_bar(stat="identity", position = "fill")+  
      scale_y_continuous(labels = scales::percent_format()) +
    ggplot(score, aes(group, PT, fill = stain)) +
     geom_bar(stat="identity", position = "fill")+ 
    scale_fill_manual(values = c("#edae49", "#d1495b", "#00798c", "#30638e"))+
      scale_y_continuous(labels = scales::percent_format()) + 
     ggtitle("CD4") 

请问如何将PT和IT的柱状图合并到同一y轴？另外，如何在图中保留0%值，避免自动转为NA？

参考效果的代码（已添加中文注释）：

# 设置group的因子顺序
score$group <- factor(score$group, levels=c("All_BrM", "Sync","Meta","Poly" ))
# 设置stain的因子顺序
score$stain <- factor(score$stain, levels=c("none", "<10%","10-40%",">40%" ))

# 绘制IT组填充柱状图
ggplot(score, aes(group, IT, fill = stain)) +
  geom_bar(stat="identity", position = "fill")+  
    scale_fill_manual(values = c("#ded9e2", "#c0b9dd", "#80a1d4", "#75c9c8"))+
    theme_prism(base_size = 9)+
    scale_y_continuous(labels = scales::percent_format()) +
    theme(legend.position = "none")+ 
    theme(axis.text.x  = element_text(size = 10, angle=50))+
# 绘制PT组填充柱状图
ggplot(score, aes(group, PT, fill = stain)) +
  geom_bar(stat="identity", position = "fill")+ 
    scale_fill_manual(values = c("#ded9e2", "#c0b9dd", "#80a1d4", "#75c9c8"))+
    scale_y_continuous(labels = scales::percent_format())  +            
    theme_prism(base_size = 9)+
    theme(axis.text.x  = element_text(size = 10, angle=50))  

1. 合并到同一y轴：将宽格式数据转为长格式 #

当前数据是宽格式（IT和PT为单独列），要实现同一y轴下group旁并列显示IT和PT，需先将数据转换为长格式，新增一列区分IT/PT类别，再通过分面或分组实现并列，同时保留填充比例逻辑。

2. 保留0%值：提前处理NA值 #

若原始数据中0被自动转为NA，需提前将NA替换为0；position = "fill"会自动计算比例，只要原始值为0，就能保留0%的显示。

完整代码示例 #

# 加载所需包
library(ggplot2)
library(tidyr)
library(dplyr)
library(ggprism)

# 数据预处理：设置因子顺序+转长格式+替换NA为0
score <- score %>%
  mutate(
    # 固定group和stain的显示顺序
    group = factor(group, levels=c("All_BrM", "Sync","Meta","Poly")),
    stain = factor(stain, levels=c("none", "<10%","10-40%",">40%")),
    # 将IT、PT列中的NA替换为0，确保0%值不丢失
    IT = ifelse(is.na(IT), 0, IT),
    PT = ifelse(is.na(PT), 0, PT)
  ) %>%
  # 把宽格式转长格式，新增type列标记IT/PT
  pivot_longer(cols = c(IT, PT), names_to = "type", values_to = "value")

# 绘制合并后的填充柱状图
ggplot(score, aes(x = group, y = value, fill = stain)) +
  # 填充式柱状图，保持每个柱子高度为100%
  geom_bar(stat = "identity", position = position_fill(), width = 0.7) +
  # 通过分面实现IT和PT在同一group旁并列，共享y轴
  facet_grid(~type) +
  # 设置自定义填充色
  scale_fill_manual(values = c("#edae49", "#d1495b", "#00798c", "#30638e")) +
  # y轴显示百分比，去掉上下空白
  scale_y_continuous(labels = scales::percent_format(), expand = c(0, 0)) +
  # 应用prism主题
  theme_prism(base_size = 9) +
  ggtitle("CD4") +
  # 调整轴文本和图例位置
  theme(
    axis.text.x = element_text(size = 10, angle = 50, hjust = 1),
    legend.position = "right"
  )

代码说明 #

• pivot_longer()：将IT、PT两列合并为一列，新增type列区分组别，是实现同一图中并列展示的核心步骤。
• ifelse(is.na(IT), 0, IT)：强制把NA转为0，避免0%值被自动过滤。
• position_fill()：维持填充式柱状图的比例逻辑，每个柱子总高度对应100%。
• facet_grid(~type)：通过分面让IT和PT在每个group旁并列，且共享同一y轴刻度。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Mimi