Doxygen中MD文件未按层级显示，如何恢复目录结构？

要让Doxygen正确渲染项目的实际目录层级，需调整关键配置项并规范文件引用方式，具体步骤如下：

1. 调整Doxygen核心配置 #

在项目的Doxyfile配置文件中，确保以下参数设置正确：

• RECURSIVE = YES：允许Doxygen递归扫描所有子目录下的文件
• SHOW_DIRECTORIES = YES：在生成的文档中启用目录结构显示
• INPUT = ./：将输入路径设为项目根目录，确保覆盖所有子目录（可根据实际路径调整）

2. 规范Markdown文件的内部链接 #

如果Markdown文件之间有互相引用，必须使用相对路径而非仅文件名。例如在folder1/item1.md中引用subfolder1/item3.md时，需写为：

[查看item3文档](subfolder1/item3.md)

3. 可选：自定义目录显示信息 #

若想给子目录添加说明或自定义名称，可在目标目录下创建README.md，并在文件开头添加Doxygen命令：

@dir folder1
@brief 这是folder1目录的功能说明

Doxygen会识别该配置，在文档中展示目录的自定义名称和描述。

4. 重新生成文档 #

删除之前生成的旧文档目录（默认是html文件夹），重新执行doxygen Doxyfile命令，生成的文档即可按照实际目录层级展示所有Markdown文件。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ali Ahmad