基于gnuplot+AWK修改氢键数据列选择逻辑生成条形图

核心AWK逻辑修改 #

原脚本仅提取第3列作为x轴标签，现在需要根据lig_前缀判断提取目标列，同时保留Frac>0.05的筛选条件，对应的AWK命令如下：

awk '$5 > 0.05 { if ($1 ~ /^lig_/) print $3, $5; else if ($3 ~ /^lig_/) print $1, $5 }' hydrogen_bonds.dat

• 逻辑说明：
  • 先筛选第5列（Frac）数值大于0.05的行
  • 若第1列（Acceptor）以lig_开头，输出第3列（Donor）和第5列数据
  • 若第3列（Donor）以lig_开头，输出第1列（Acceptor）和第5列数据
  • 题目明确lig_仅出现在其中一列，无需处理两列都含该前缀的情况

完整gnuplot脚本示例 #

将上述AWK命令整合进gnuplot脚本，生成2D条形图：

set terminal pngcairo enhanced font 'Arial,10' size 800,600
set output 'hbond_barplot.png'

set title '氢键占比条形图（Frac>0.05）'
set xlabel '配体相互作用对象'
set ylabel '占比（Frac）'
set yrange [0:*]

# 设置x轴标签旋转避免重叠
set xtics rotate by 45 right

# 读取AWK处理后的数据绘制条形图
plot '< awk ''$5 > 0.05 { if ($1 ~ /^lig_/) print $3, $5; else if ($3 ~ /^lig_/) print $1, $5 }'' hydrogen_bonds.dat' \
     using 2:xtic(1) with boxes fill solid 0.7 title ''

• 脚本说明：
  • set terminal和set output指定输出格式为PNG图片
  • xtics rotate设置x轴标签旋转45度，避免长标签重叠
  • using 2:xtic(1)表示用第2列数据作为条形高度，第1列作为x轴标签
  • with boxes fill solid设置实心条形样式

额外优化提示 #

• 如果你的数据文件用制表符分隔，需给AWK加上-F'\t'参数，确保列识别正确：

  awk -F'\t' '$5 > 0.05 { if ($1 ~ /^lig_/) print $3, $5; else if ($3 ~ /^lig_/) print $1, $5 }' hydrogen_bonds.dat
  

• 若需要调整条形颜色，可在with boxes后添加linecolor rgb "#2E86AB"这类颜色参数

内容的提问来源于stack exchange，提问作者James Starlight