如何在RMarkdown中调用外部R脚本的图表并解决报错

我有一段保存于Cars plot.R的ggplot代码：

library(tidyverse)

ggplot(data = mpg) + 
  geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy))

在路径为C:/Documents/Project的RMarkdown文件中，尝试用source("Cars plot.R")调用该脚本并隐藏代码显示图表时，触发报错：

Warning in file(filename, "r", encoding = encoding) :
  cannot open file 'Cars plot.R': No such file or directory
Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : 
  cannot open the connection

脚本实际路径是C:/Documents/Project/Codes，问题出在工作目录不匹配或调用路径错误。

解决方法 #

方案一：亲测可行的文件同目录方案

1. 把RMarkdown文件和Cars plot.R移动到同一目录下
2. 修改脚本代码，将ggplot图表赋值给变量：

library(tidyverse)

plot1 <- ggplot(data = mpg) + 
  geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy))

3. 在RMarkdown里分两个代码块实现：

• 第一个代码块加载脚本，完全隐藏代码：

```{r, include = FALSE} 
source("Cars plot.R")

- 第二个代码块渲染图表，只显示图表不显示代码：
```r
```{r, echo = FALSE} 
plot1

#### 方案二：无需移动文件的路径优化方案
不用移动文件，直接通过正确路径调用脚本即可：
1. 保持原文件路径不变，在RMarkdown中使用**绝对路径**调用：
```r
```{r, include = FALSE} 
source("C:/Documents/Project/Codes/Cars plot.R")

或者用**相对路径**（RMarkdown在`Project`目录，脚本在子目录`Codes`下）：
```r
```{r, include = FALSE} 
source("./Codes/Cars plot.R")

2. 同样需要在脚本中将ggplot赋值为`plot1`，再用`echo=FALSE`的代码块渲染图表。

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内容的提问来源于stack exchange，提问作者Jay Bee