R技术问询：如何按站点合并多行并对物种列求和，保留列结构

核心思路 #

先给数据框添加站点分组标识，移除不需要的Quadrat列后，按站点分组对物种列求和，最后基于求和结果计算站点级多样性指数。

步骤1：构造示例数据（可跳过，直接用你自己的df即可） #

set.seed(123)
df <- data.frame(
  Quadrat = paste0("Q", 1:75),
  matrix(sample(c(0,1), 75*65, replace = TRUE), nrow = 75)
)
colnames(df)[-1] <- paste0("Species", 1:65)

步骤2：分组求和（两种方法任选） #

方法一：Base R 实现

# 添加站点分组列：前25行A，中间25行B，最后25行C
df$Site <- rep(c("A", "B", "C"), each = 25)

# 移除Quadrat列
df_clean <- df[, !colnames(df) %in% "Quadrat"]

# 按站点分组，对所有物种列求和
site_species_sum <- aggregate(. ~ Site, data = df_clean, sum)

方法二：dplyr 实现（更直观，适合新手）

library(dplyr)

site_species_sum <- df %>%
  mutate(Site = rep(c("A", "B", "C"), each = 25)) %>% # 添加站点分组
  select(-Quadrat) %>% # 移除Quadrat列
  group_by(Site) %>% # 按站点分组
  summarise(across(everything(), sum)) %>% # 对所有物种列求和
  ungroup()

步骤3：计算站点级多样性指数 #

用vegan包（你提到的specnumber()和diversity()都来自这个包）计算：

library(vegan)

# 物种丰富度（站点内存在的物种数量）
site_species_sum$Richness <- specnumber(site_species_sum[, -1])

# 香农-威纳多样性指数
site_species_sum$Shannon <- diversity(site_species_sum[, -1], index = "shannon")

# 辛普森多样性指数
site_species_sum$Simpson <- diversity(site_species_sum[, -1], index = "simpson")

你之前代码的问题说明 #

• sum(df[1:25,])会把前25行所有元素合并成一个单一数值，不是按列求和；
• rowSums(df[1:25,])是计算前25行每行的总和，而非按列对25行求和；
• rbind是行合并，无法实现分组聚合的需求，应该用分组求和的函数（如aggregate或dplyr的group_by+summarise）。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Edouard Duquesne