如何解决PCA Biplot绘图中的文本重叠问题

最直接的修复：开启文本排斥功能 #

你的代码里设置了repel=F，这是文本重叠的核心原因，把它改成repel=T，函数会自动调整所有文本的位置，避免互相遮挡：

fviz_pca_biplot(res.pca,
                labelsize=3,
                addEllipses = T,
                repel=T,  # 这里修改为TRUE
                # Individuals
                geom.ind = "point",
                geom.var = c("point", "text"),
                fill.ind = data$Species,
                pointshape = 21 ,
                pointsize = 2,
                alpha.ind=0.4,
                # Variables
                alpha.var =1, 
                legend.title = list(fill = "Species"))+
  
  guides(color=guide_legend("Species"),fill= F)

其他辅助优化方案 #

• 微调标签尺寸：如果开启排斥后仍有少量拥挤，可把labelsize再调小一点，比如labelsize=2.5
• 单独控制变量文本：如果只想优化变量标签的位置，可借助ggrepel包手动替换文本图层，示例：

library(ggrepel)
fviz_pca_biplot(res.pca,
                labelsize=3,
                addEllipses = T,
                repel=F,
                # Individuals
                geom.ind = "point",
                geom.var = "point",  # 仅保留变量点，关闭默认文本
                fill.ind = data$Species,
                pointshape = 21 ,
                pointsize = 2,
                alpha.ind=0.4,
                # Variables
                alpha.var =1, 
                legend.title = list(fill = "Species"))+
  # 用ggrepel绘制变量文本，自定义排斥规则
  geom_text_repel(data = attr(res.pca, "var")$coord,
                  aes(x = Dim.1, y = Dim.2, label = rownames(attr(res.pca, "var")$coord)),
                  size=3)+
  guides(color=guide_legend("Species"),fill= F)

• 拆分双图：如果双图本身元素过多，可分开绘制个体得分图和变量载荷图，彻底避免互相干扰：

# 个体得分图
fviz_pca_ind(res.pca,
             fill.ind = data$Species,
             pointshape = 21,
             pointsize = 2,
             alpha.ind=0.4,
             addEllipses = T,
             legend.title = list(fill = "Species"))+
  guides(color=guide_legend("Species"),fill= F)

# 变量载荷图
fviz_pca_var(res.pca,
             geom.var = c("point", "text"),
             repel=T,
             alpha.var=1)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者rezgar