如何在父RMarkdown文档中交互式运行含子文档的上方代码块

我有一个main Rmd文件，通过child代码块选项调用多个子Rmd文件，示例代码如下：

主文档 main.Rmd

# (main Rmd)

```{r run child 01, child="child_01.Rmd"}

<--- 在此处进行交互式操作！

**子文档 child_01.Rmd**
```r
# (child 01 Rmd)

```{r }
print("child 01")

**子文档 child_02.Rmd**
```r
# (child 02 Rmd)

```{r }
print("child 02")

编译文档可正常运行，但在`run child 02`代码块后进行交互式操作时，使用`Run all chunks above`功能无法包含子文档的代码块。需要找到无需重复罗列子文件、无需逐个打开子文档的解决办法。

# 解决方法

## 方法一：自定义函数解析主文档并运行所有依赖代码
编写自定义R函数，自动解析主Rmd文件中当前位置上方的所有`child`代码块路径，按顺序运行子文档代码，同时执行主文档中当前位置之上的非child代码块。

1. 在主文档开头添加以下函数：
```r
run_all_above_with_children <- function(current_line = rstudioapi::getSourceEditorContext()$selection[[1]]$range$start[1]) {
  # 获取当前主文档内容
  doc_content <- rstudioapi::getSourceEditorContext()$content
  
  # 提取当前行上方的所有内容
  above_content <- doc_content[1:(current_line - 1)]
  
  # 提取所有child代码块的路径
  child_paths <- stringr::str_extract(above_content, '(?<=child=")[^"]+')
  child_paths <- child_paths[!is.na(child_paths)]
  
  # 按顺序运行每个子文档的代码
  for (path in child_paths) {
    temp_script <- knitr::purl(path, output = tempfile(), quiet = TRUE)
    source(temp_script, local = globalenv())
  }
  
  # 提取并运行主文档中当前行上方的非child代码块
  chunk_pattern <- '(?<=```\\{r)[^}]+\\}(.*?)(?=```)'
  main_chunks <- stringr::str_extract_all(paste(above_content, collapse = "\n"), chunk_pattern)[[1]]
  main_chunks <- main_chunks[!stringr::str_detect(main_chunks, 'child=')]
  
  for (chunk in main_chunks) {
    eval(parse(text = chunk), envir = globalenv())
  }
}

2. 提前安装并加载依赖包：

install.packages(c("rstudioapi", "stringr"))
library(rstudioapi)
library(stringr)

3. 当需要运行当前位置上方所有代码（包括子文档）时，直接调用函数：

run_all_above_with_children()

方法二：利用knitr的purl批量导出并运行代码 #

如果主文档中子文档的调用顺序固定，可一次性将所有子文档和主文档的代码导出为单个R脚本，再运行到指定位置：

1. 导出主文档及子文档的代码到统一脚本：

# 导出主文档代码
knitr::purl("main.Rmd", output = "full_script.R", quiet = TRUE)
# 按主文档调用顺序追加子文档代码
cat(readLines("child_01.Rmd"), file = "full_script.R", append = TRUE)
cat(readLines("child_02.Rmd"), file = "full_script.R", append = TRUE)

2. 在RStudio中打开full_script.R，找到对应主文档交互式操作位置的代码行，使用Run all lines above功能即可。

• 方法一依赖RStudio API，仅在RStudio环境中生效；
• 若存在嵌套子文档（子文档再调用子文档），需修改函数递归解析子文档中的child路径；
• 运行代码时建议使用全局环境globalenv()，保证变量一致性。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Marcelo Avila