如何在ggplot图例的HG002、HGDP00704上方添加EUR、AME标识

一、实现带地区标识的表格式图例 #

要让图例中HG002上方显示EUR、HGDP00704上方显示AME，直接在scale_fill_manual中用换行符\n自定义标签即可，自动形成上下两行的表格布局：

修改绘图代码中的scale_fill_manual部分：

scale_fill_manual(
  values = c('#006BF7', '#BE90D4'),
  labels = c("EUR\nHG002", "AME\nHGDP00704")
)

二、代码优化建议 #

以下是针对原代码的优化点，让代码更简洁、符合现代R开发规范：

• 替换停止维护的reshape2为tidyr的pivot_longer函数，更高效易用
• 用管道符%>%串联数据操作，逻辑更连贯，减少冗余变量
• 用rename函数直接重命名列，比修改names向量更直观
• 无需手动将read_excel结果转成data.frame，返回的tibble可直接用于ggplot
• 加载tidyverse包一次性引入多个常用工具包，减少重复调用

优化后的完整代码：

library(tidyverse)

# 读取Excel文件
excel2 <- read_excel("/media/mat/Extreme SSD/TheUniversityOfFerrara/2°Year/vcf_output-HG002againstHGDP00704-sites_R.xlsx")

# 数据整理：宽表转长表 + 重命名列
df <- excel2 %>%
  pivot_longer(cols = -record, names_to = "sample", values_to = "value") %>%
  rename(site_type = record)

# 若需指定site_type的显示顺序，取消注释并调整levels
# df <- df %>%
#   mutate(site_type = factor(site_type, levels = c("records", "SNPs", "indels", "multiallelic-sites", "others")))

# 绘制柱状图
ggplot(df, aes(x = site_type, y = value, fill = sample)) +
  geom_bar(stat = "identity", position = "dodge", width = .4) +
  theme_bw() +
  theme(
    plot.title = element_text(face = "bold.italic", hjust = 0.5),
    legend.position = "bottom",
    legend.title = element_blank(),
    # 可选：让图例文字居中对齐，上下行更整齐
    legend.text = element_text(hjust = 0.5)
  ) +
  scale_fill_manual(
    values = c('#006BF7', '#BE90D4'),
    labels = c("EUR\nHG002", "AME\nHGDP00704")
  ) +
  ggtitle('HG002-HGDP00704_Giraffe Variant Call')

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Matteo