PyMOL中set_dihedral命令异常，如何调整phi/psi/omega二面角？

PyMOL的set_dihedral本身没故障——它的默认逻辑就是围绕你指定的四个原子构成的二面角，旋转第四个原子之后的所有关联原子片段。你看到的后续链移动，是因为没固定目标残基之前的部分；如果同源三聚体的其他链也跟着动，要么是选原子时不小心包含了其他链，要么是链间相互作用被连带影响了。

1. 精准选对定义二面角的四个原子 #

phi/psi/omega角的原子选择必须严格对应：

• Phi角：前一个残基的C → 当前残基的N → CA → C
• Psi角：当前残基的N → CA → C → 后一个残基的N
• Omega角：当前残基的CA → C → 后一个残基的N → CA

举个例子，要把链A上残基10的psi角设为180度，命令应该是：

set_dihedral (chain A and resi 10 and name N), (chain A and resi 10 and name CA), (chain A and resi 10 and name C), (chain A and resi 11 and name N), 180

2. 固定不需要移动的片段 #

如果只想调整单个二面角，不想让后续链跟着转，必须先锁死前面的原子：

• 快速固定法：用set_fixed临时锁定目标残基之前的部分

  set_fixed on, chain A and resi 1-9  # 锁定残基1到9
  set_dihedral [你的二面角原子选择], [目标角度]
  set_fixed off, chain A and resi 1-9  # 调整完解锁
  

• 独立片段法：适合多链复杂结构，把要调整的部分拆出来单独操作

  # 拆分片段
  create fixed_segment, chain A and resi 1-9
  create adjust_segment, chain A and resi 10-30  # 假设链A到30号残基
  # 调整二面角
  set_dihedral (adjust_segment and resi 10 and name N), (adjust_segment and resi 10 and name CA), (adjust_segment and resi 10 and name C), (adjust_segment and resi 11 and name N), 180
  # 合并回去
  delete chain A
  create chain A, fixed_segment + adjust_segment
  delete fixed_segment, adjust_segment
  

3. 同源三聚体的特殊处理 #

如果其他链也跟着动，先排查两个点：

• 确认原子选择只针对单条链，命令里一定要加chain X（X是你要调整的链ID），别不小心选中了三聚体的其他链
• 如果是链间相互作用（比如氢键、疏水键）导致的牵连，可以临时关闭相互作用保留：

  set preserve_interactions, off
  # 执行调整命令
  set preserve_interactions, on
  

4. 验证调整结果 #

调整完用get_dihedral确认角度是否达标：

get_dihedral (chain A and resi 10 and name N), (chain A and resi 10 and name CA), (chain A and resi 10 and name C), (chain A and resi 11 and name N)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Dmitry Petrov