R语言树状图添加坐标轴标签及调整X轴范围问题求助

问题1：添加X/Y轴标签无效的解决方法 #

使用dendextend绘制水平树状图（horiz=TRUE）时，直接在plot()中设置xlab和ylab参数常不生效，这是函数对水平布局的轴标签处理逻辑导致的。可通过以下两种方式解决：

方法1：手动添加轴标签 #

在plot()之后用mtext()函数添加标签，同时调整边距给标签留出空间：

par(mar = c(5,5,3,7)) # 增大下、左边距，适配轴标签
plot(dend, horiz = TRUE, nodePar = list(cex = .007))
mtext("欧氏距离", side = 1, line = 3, cex = 1) # side=1对应X轴
mtext("OTUs", side = 2, line = 3, cex = 1) # side=2对应Y轴

方法2：使用dendextend的add_axis()函数 #

贴合dendextend工作流的方式，先关闭默认轴再添加自定义标签：

par(mar = c(5,5,3,7))
plot(dend, horiz = TRUE, nodePar = list(cex = .007), axes = FALSE)
add_axis(dend, side = 1, text = "欧氏距离", line = 3)
add_axis(dend, side = 2, text = "OTUs", line = 3)

问题2：设置X轴范围导致树反转、标签混乱的解决方法 #

水平树状图默认X轴方向是从右到左（距离值从大到小），若直接设置xlim=c(0,70)会强制轴方向反转，导致树结构和标签错位。正确做法是将X轴范围设为从大到小：

plot(dend, horiz = TRUE, nodePar = list(cex = .007), xlim = c(70, 0))

如果需要X轴显示从左到右的顺序（0到70），同时保持树结构和标签正常，需先反转树的方向：

dend_reversed <- rev(dend)
plot(dend_reversed, horiz = TRUE, nodePar = list(cex = .007), xlim = c(0, 70))
# 后续添加轴标签步骤同上

完整修改后的代码 #

结合两种解决方案的完整代码如下：

library(colorspace)
library(dendextend)

data <- read.csv("test.csv")
data2 <- data[, -1]

site_labels <- as.factor(data[, 1])
sites_col <- rev(rainbow_hcl(12))[as.numeric(site_labels)]

d <- dist(data2)
hc <- hclust(d, method = "average")

dend <- as.dendrogram(hc)
dend <- color_branches(dend, k=3)

labels_colors(dend) <-
  rainbow_hcl(12)[sort_levels_values(
    as.numeric(data[, 1])[order.dendrogram(dend)]
  )]

labels(dend) <- paste(as.character(data[, 1])[order.dendrogram(dend)],
                      " (",labels(dend),")",
                      sep = "")

dend <- set(dend, "labels_cex", 0.5)
dend <- set(dend, "branches_lwd", 3)

# 调整边距+设置正确X轴范围+添加轴标签
par(mar = c(5,5,3,7))
plot(dend, horiz = TRUE, nodePar = list(cex = .007), xlim = c(70, 0))
mtext("欧氏距离", side = 1, line = 3, cex = 1)
mtext("OTUs", side = 2, line = 3, cex = 1)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者maurobio