在另一awk脚本中使用bash数组变量报错：无法打开文件，求解决

错误原因 #

1. bash数组传递方式错误：你用awk var="${array[@]}"传递数组时，bash会把数组元素展开为多个独立参数。比如数组包含foo bar，命令会被解析为awk var=foo bar '脚本' input.txt，此时awk会把bar当成要读取的输入文件，导致"找不到文件"的错误。
2. awk语法错误：heading[i] in var中的in操作符仅适用于awk的关联数组，而你传递的var是一个字符串，无法用in判断是否包含某个值。

解决方案 #

方案1：正确传递bash数组到awk，转为关联数组

先把bash数组转为字符串传递给awk，再在awk内部构建关联数组用于快速查找：

# 生成bash数组
array=($(awk 'NR>1 { print $1 }' < file.tsv))

# 用空格分隔数组元素（若元素含空格，可改用|等无冲突分隔符）
arr_str="${array[*]}"

# 传递给awk并构建关联数组
awk -v arr_str="$arr_str" '
BEGIN {
    # 拆分字符串为数组，构建允许集合
    split(arr_str, temp_arr, " ")
    for (idx in temp_arr) {
        allowed[temp_arr[idx]] = 1
    }
}
FNR==1 {
    for(i=1;i<=NF;i++){ heading[i]=$i }
    next
}
{
    for(i=2;i<=NF;i++){
        if($i=="1" && heading[i] in allowed){
            close(outFile)
            outFile=heading[i]".txt"
            print ">kmer"NR-1"\n"$1 >> outFile
        }
    }
}' < input.txt

方案2：合并脚本，避免shell与awk的变量传递（推荐）

直接在同一个awk脚本中读取file.tsv构建允许集合，再处理input.txt，更高效且避免变量传递问题：

awk '
# 处理file.tsv，构建允许的heading集合
FILENAME == "file.tsv" {
    if (NR > 1) {
        allowed[$1] = 1
    }
    next
}
# 处理input.txt
FNR == 1 {
    for(i=1;i<=NF;i++){ heading[i]=$i }
    next
}
{
    for(i=2;i<=NF;i++){
        if($i=="1" && heading[i] in allowed){
            close(outFile)
            outFile=heading[i]".txt"
            print ">kmer"NR-1"\n"$1 >> outFile
        }
    }
}' file.tsv input.txt

内容的提问来源于stack exchange，提问作者MK-1