如何在phyloseq中快速查找含特定OTU/类群的样本？

下面提供几种直接、高效的方法，无需手动分步查找OTU和样本：

1. 按OTU编号查找对应样本 #

如果已知目标OTU的编号，直接筛选这些OTU的丰度数据，再提取有非零丰度的样本：

# 定义你的phyloseq对象和目标OTU列表
ps <- your_phyloseq_object
target_otus <- c("OTU_001", "OTU_005", "OTU_012")

# 筛选目标OTU的丰度矩阵并转置（样本×OTU格式）
otu_subset <- t(otu_table(ps)[target_otus, ])
# 提取至少含有一个目标OTU的样本名
samples_with_target <- rownames(otu_subset[rowSums(otu_subset) > 0, ])

2. 按分类名称查找对应样本 #

如果只知道类群的分类名称（比如属、种级别），先从tax_table中定位对应的OTU，再找样本：

# 示例：查找所有属于Lactobacillus属的OTU
target_otus_from_tax <- rownames(tax_table(ps)[tax_table(ps)[, "Genus"] == "Lactobacillus", ])

# 复用第一步的逻辑提取样本
otu_subset <- t(otu_table(ps)[target_otus_from_tax, ])
samples_with_target <- rownames(otu_subset[rowSums(otu_subset) > 0, ])

3. 用tidy格式简化操作（推荐） #

借助psmelt()函数将phyloseq对象转为tidy数据框，用更直观的筛选逻辑获取结果：

# 转换为tidy数据框
ps_tidy <- psmelt(ps)

# 按分类名称筛选（示例：筛选含有Lactobacillus属且丰度>0的样本）
samples_with_target <- unique(ps_tidy$Sample[ps_tidy$Genus == "Lactobacillus" & ps_tidy$Abundance > 0])

# 按OTU编号筛选
samples_with_target <- unique(ps_tidy$Sample[ps_tidy$OTU %in% target_otus & ps_tidy$Abundance > 0])

4. 直接生成筛选后的phyloseq对象 #

如果需要后续分析，可直接得到仅包含目标类群和对应样本的phyloseq对象：

# 先筛选目标OTU，再去掉没有这些OTU的样本
ps_filtered <- prune_samples(
  sample_sums(prune_taxa(target_otus_from_tax, ps)) > 0,
  prune_taxa(target_otus_from_tax, ps)
)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者sondre