Apple M1 Mac通过Miniconda安装bowtie2遇PackagesNotFoundError求助

核心原因 #

你看到的bioconda频道中的bowtie2包，没有针对Apple M1的osx-arm64架构预编译版本。你的Miniconda是专为arm64架构构建的，默认只会从osx-arm64和noarch频道检索匹配架构的包，因此无法找到可安装的bowtie2版本。

解决办法 #

方法1：创建x86_64架构的conda环境（推荐） #

借助Rosetta2转译功能，创建并运行x86_64架构的conda环境，即可安装bioconda提供的osx-64版本bowtie2：

• 右键终端图标 → 复制 → 右键复制的终端 → 显示简介 → 勾选「使用Rosetta打开」，启动Rosetta转译的终端
• 创建x86_64架构的conda环境：

  conda create -n bowtie2_x86 python=3.9
  

• 激活环境并安装bowtie2：

  conda activate bowtie2_x86
  conda install -c bioconda bowtie2
  

方法2：从源码编译安装 #

若不想依赖Rosetta转译，可直接从源码编译bowtie2：

• 先安装编译依赖：

  conda install -c conda-forge gcc make
  

• 克隆bowtie2源码仓库并进入目录：

  git clone https://github.com/BenLangmead/bowtie2.git
  cd bowtie2
  

• 编译并完成安装：

  make
  sudo make install
  

编译完成后，可将bowtie2的安装路径添加到系统环境变量中，实现全局调用。

方法3：尝试conda-forge频道的arm64包 #

部分bowtie2版本在conda-forge频道提供了osx-arm64预编译包，可尝试直接安装：

conda install -c conda-forge bowtie2

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Robert Albero