哦，我刚入门Git的时候也踩过这个坑！这种情况几乎都是几个常见原因导致的，咱们一步步来排查解决：

• 检查子文件夹是否为空
  Git默认不会追踪空文件夹，哪怕你用git add -A也不会把空文件夹加入暂存区。如果你的子文件夹里没有任何文件，Git会直接忽略它们。
  解决办法：在每个空的子文件夹中创建一个占位文件，比如.gitkeep（这是Git社区约定俗成的文件名，不会影响项目运行）。执行命令：
  touch path/to/your-empty-subfolder/.gitkeep
  之后再运行git add -A，就能看到子文件夹被追踪了。

• 排查.gitignore规则
  很可能你的项目目录（或者全局Git配置）里的.gitignore文件把这些子文件夹/文件给排除了。

  1. 先查看当前目录是否存在.gitignore：
     Mac/Linux：ls -la
     Windows：dir /a
  2. 打开.gitignore文件，检查是否有匹配你子文件夹的规则，比如*/（忽略所有子文件夹）、具体的文件夹名称，或者匹配文件类型的规则。
  3. 如果确实是被忽略了，要么修改.gitignore删除对应的规则，要么用强制添加命令绕过忽略：
     git add -f path/to/your-folder

• 确认是否在正确的Git仓库目录操作
  有时候不小心跑到仓库外部的目录执行命令，自然无法追踪到文件。可以执行下面的命令验证：
  git rev-parse --is-inside-work-tree
  如果返回true说明你在仓库目录内，否则需要切换到正确的仓库路径。

• 检查子文件夹是否为独立Git仓库
  如果你的子文件夹里存在.git目录，Git会把它识别为子模块，不会直接将里面的文件添加到当前仓库。可以执行命令检查：
  ls -la path/to/your-subfolder
  如果发现.git目录，要么删除这个子文件夹里的.git（不需要子模块的话），要么学习子模块的使用（刚入门Git的话，建议先删除子模块的.git目录，把内容作为普通文件添加）。

按照上面的步骤排查，大概率能解决问题！

内容的提问来源于stack exchange，提问作者John Mantios