如何保存swalign库Smith-Waterman局部比对的输出结果？

你的问题出在alignment_object.dump()这个方法上：它的作用是直接把比对结果打印到控制台，本身没有返回值（返回None），所以你把它赋值给变量或者作为函数返回值时，得到的自然是None，也就无法写入文件。

解决方案 #

下面提供两种可行的修改方式，都能让你获取到比对结果的文本内容，正常保存到变量或写入文件：

方法一：直接将比对对象转为字符串 #

这是最简单的方式，swalign的Alignment对象支持直接转为字符串，格式和dump()打印的内容基本一致：

import swalign

def Local_Alignment(string1, string2):
    match_score = 100
    mismatch_score = -100
    matrix = swalign.NucleotideScoringMatrix(match_score, mismatch_score)
    lalignment_object = swalign.LocalAlignment(matrix)
    alignment_object = lalignment_object.align(string1, string2)
    # 将比对对象转为字符串返回
    return str(alignment_object)

string1 = "ABCDEFGHIJKLMNOP"
string2 = "CDGIKNOP"
temp = Local_Alignment(string1, string2)

# 写入文本文件示例
with open("alignment_result.txt", "w", encoding="utf-8") as f:
    f.write(temp)

方法二：捕获dump()的输出（完全匹配原打印格式） #

如果需要和dump()打印的格式完全一致，可以通过重定向标准输出来捕获它的打印内容：

import swalign
from io import StringIO
import sys

def Local_Alignment(string1, string2):
    match_score = 100
    mismatch_score = -100
    matrix = swalign.NucleotideScoringMatrix(match_score, mismatch_score)
    lalignment_object = swalign.LocalAlignment(matrix)
    alignment_object = lalignment_object.align(string1, string2)
    
    # 临时重定向标准输出到内存缓冲区
    old_stdout = sys.stdout
    output_buffer = StringIO()
    sys.stdout = output_buffer
    
    alignment_object.dump()
    
    # 恢复标准输出
    sys.stdout = old_stdout
    # 获取缓冲区里的文本内容并返回
    return output_buffer.getvalue()

string1 = "ABCDEFGHIJKLMNOP"
string2 = "CDGIKNOP"
temp = Local_Alignment(string1, string2)

# 写入文本文件示例
with open("alignment_result.txt", "w", encoding="utf-8") as f:
    f.write(temp)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者okokok hack