如何抑制RasterIO的TIFFReadDirectory警告？

我用RasterIO打开TIFF文件时遇到如下警告：

Warning 1: TIFFReadDirectory:Sum of Photometric type-related color channels and ExtraSamples doesn't match SamplesPerPixel. Defining non-color channels as ExtraSamples.

这个警告出现在打开标签错误的TIFF文件时，具体场景是：

• 文件标签为PHOTOMETRIC_MINISBLACK = 1
• 无ExtraSample标签
  但实际该TIFF是带有一个额外样本（掩码）的RGB图像。由于实际场景中无法提前知晓波段信息，提前指定标签的方法无效。我尝试过以下方法抑制警告，但都失败了：
• 使用Python Warnings模块抑制各类警告
• 配置RasterIO日志

触发警告的代码如下：

import rasterio

tiff = rasterio.open(path)
img = tiff.read()

我的RasterIO版本信息如下（执行pip show -v rasterio输出）：

Name: rasterio
Version: 1.2.10
Summary: Fast and direct raster I/O for use with Numpy and SciPy
Home-page: https://github.com/mapbox/rasterio
Author: Sean Gillies
Author-email: sean@mapbox.com
License: BSD
Location: /home/david/miniconda3/lib/python3.9/site-packages
Requires: click-plugins, numpy, snuggs, cligj, click, setuptools, affine, certifi, attrs
Required-by: rioxarray
Metadata-Version: 2.1
Installer: pip
Classifiers:
  Development Status :: 5 - Production/Stable
  Intended Audience :: Developers
  Intended Audience :: Information Technology
  Intended Audience :: Science/Research
  License :: OSI Approved :: BSD License
  Programming Language :: C
  Programming Language :: Cython
  Programming Language :: Python :: 3.6
  Programming Language :: Python :: 3.7
  Programming Language :: Python :: 3.8
  Programming Language :: Python :: 3.9
  Programming Language :: Python :: 3
  Topic :: Multimedia :: Graphics :: Graphics Conversion
  Topic :: Scientific/Engineering :: GIS
Entry-points:
  [console_scripts]
  rio=rasterio.rio.main:main_group
  [rasterio.rio_commands]
  blocks=rasterio.rio.blocks:blocks
  bounds=rasterio.rio.bounds:bounds
  calc=rasterio.rio.calc:calc
  clip=rasterio.rio.clip:clip
 convert=rasterio.rio.convert:convert
  edit-info=rasterio.rio.edit_info:edit
  env=rasterio.rio.env:env
  gcps=rasterio.rio.gcps:gcps
  info=rasterio.rio.info:info
  insp=rasterio.rio.insp:insp
  mask=rasterio.rio.mask:mask
  merge=rasterio.rio.merge:merge
  overview=rasterio.rio.overview:overview
  rasterize=rasterio.rio.rasterize:rasterize
  rm=rasterio.rio.rm:rm
  sample=rasterio.rio.sample:sample
  shapes=rasterio.rio.shapes:shapes
  stack=rasterio.rio.stack:stack
  transform=rasterio.rio.transform:transform
  warp=rasterio.rio.warp:warp
Note: you may need to restart the kernel to use updated packages.

请问有什么通用方法可以抑制该警告？

解决方案 #

这个警告来自GDAL底层库，而非Python的warnings系统或RasterIO自身日志，所以之前的方法无效。可以通过以下两种方式抑制：

方法1：使用RasterIO环境上下文设置GDAL警告级别

通过rasterio.Env设置GDAL的环境变量，将警告级别调至仅显示错误及以上信息，从而屏蔽这类警告：

import rasterio

with rasterio.Env(CPL_LOG_ERRORS='2'):
    tiff = rasterio.open(path)
    img = tiff.read()

也可以全局设置GDAL的警告阈值：

import rasterio
from osgeo import gdal

# 0=无警告，1=警告，2=错误，3=致命错误
gdal.SetConfigOption('CPL_LOG_ERRORS', '2')

tiff = rasterio.open(path)
img = tiff.read()

方法2：精准过滤特定警告

如果需要保留其他GDAL警告，可通过重定向错误处理函数过滤目标警告：

import rasterio
from osgeo import gdal
import sys

def filter_gdal_warnings(message, level):
    # 忽略指定内容的警告
    if "TIFFReadDirectory:Sum of Photometric type-related color channels" in message:
        return 0
    # 其他警告正常输出
    print(message, file=sys.stderr)
    return 1

# 替换GDAL错误处理函数
gdal.PushErrorHandler(filter_gdal_warnings)

try:
    tiff = rasterio.open(path)
    img = tiff.read()
finally:
    # 恢复默认错误处理
    gdal.PopErrorHandler()

说明 #

• 方法1简洁高效，适合无需GDAL警告的场景；
• 方法2更灵活，可精准屏蔽特定警告，但多线程环境需注意线程安全性；
• 你的RasterIO 1.2.10版本依赖的GDAL支持上述配置，无需升级即可生效。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者BananaJoe