MongoDB 6.0修复失效无法启动，无mongodump如何备份数据库？

MongoDB 6.0实例中某集合出现硬件级损坏，执行mongod --repair无效；删除损坏集合后触发断言错误，无法启动服务，需恢复未损坏集合或备份可用数据。

错误日志 #

存储层校验错误 #

{"t":{"$date":"2022-10-23T10:34:56.814+03:00"},"s":"E",  "c":"STORAGE",  "id":22435,   "ctx":"initandlisten","msg":"WiredTiger error","attr":{"error":0,"message":"[1666510496:814423][245805:0x7f99fc399c80], file:collection-591-2337122025107551252.wt, WT_CURSOR.next: __wt_block_read_off, 296: collection-591-2337122025107551252.wt: potential hardware corruption, read checksum error for 16384B block at offset 4537556992: calculated block checksum doesn't match expected checksum"}}

断言失败错误 #

{"t":{"$date":"2022-10-23T11:13:48.644+03:00"},"s":"F",  "c":"-",        "id":23081,   "ctx":"initandlisten","msg":"Invariant failure","attr":{"expr":"buildUUID","msg":"collection: mydatabase.birds_collection:_id_","file":"src/mongo/db/catalog/index_catalog_impl.cpp","line":169}}
{"t":{"$date":"2022-10-23T11:13:48.644+03:00"},"s":"F",  "c":"-",        "id":23082,   "ctx":"initandlisten","msg":"\n\n***aborting after invariant() failure\n\n"}
{"t":{"$date":"2022-10-23T11:13:48.646+03:00"},"s":"F",  "c":"CONTROL",  "id":6384300, "ctx":"initandlisten","msg":"Writing fatal message","attr":{"message":"Got signal: 6 (Aborted).\n"}}

1. 强制启动并导出可用数据 #

• 执行以下命令强制启动MongoDB，绕过损坏的索引和集合校验：

  mongod --dbpath /path/to/your/data/directory --repairpath /path/to/temporary/repair/dir --forceRecovery
  

• 若服务成功启动，立即用mongodump导出排除损坏集合的数据库数据：

  mongodump --db mydatabase --excludeCollection birds_collection
  

• 导出完成后关闭服务，清理原数据目录，新建MongoDB实例并导入备份数据。

2. 手动清理损坏文件后重建元数据 #

• 停止MongoDB服务，复制整个数据库目录到安全位置做全量备份。
• 在原数据库目录中，删除损坏集合对应的collection-xxx-xxx.wt（数据文件）和index-xxx-xxx.wt（索引文件），同时删除_mdb_catalog.wt（目录元数据文件）。
• 再次用--forceRecovery参数启动MongoDB，服务会自动重建目录元数据，识别剩余未损坏集合。
• 启动成功后立即导出所有可用集合。

如果上述方法无法启动服务，使用MongoDB内置的WiredTiger工具直接提取数据：

• 找到MongoDB安装目录下的wt工具（通常位于bin文件夹）。
• 进入目标数据库的文件夹（如/path/to/data/mydatabase），执行以下命令：

  # 验证集合文件是否可读取
  wt -h . verify collection-xxx-xxx.wt
  # 导出可读取的集合数据到CSV文件
  wt -h . dump collection-xxx-xxx.wt > valid_collection_data.csv
  

• 导出的CSV文件可通过mongoimport工具导入到新的MongoDB实例中。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Axel