如何在规则中将路径名内的带前导零数字格式化为普通数字

你的核心问题是未正确利用Snakemake的expand()函数批量生成输入输出路径，同时缺少对带前导零数字的转换处理。以下是修正后的完整代码：

numbers = ["01", "02", "03", "04", "05", "06", "07", "08", "09", "10", "11", "12"]
starting_folder = "project/temp"

rule rename_files:
    input:
        expand("{folder}/file.{num}.ext", folder=starting_folder, num=numbers)
    output:
        expand("{folder}/file.{clean_num}_new.ext", 
               folder=starting_folder, 
               clean_num=[str(int(num)) for num in numbers])
    shell:
        "ln -s {input} {output}"

关键说明： #

• 用expand()批量生成路径：
  Snakemake的expand()函数专门用于批量生成文件路径列表，它会遍历给定变量值生成所有对应路径，替代了你原代码中直接嵌套变量的错误写法。
• 数字去前导零处理：
  生成输出路径时，通过列表推导式[str(int(num)) for num in numbers]，将带前导零的字符串数字转为整数（自动去除前导零）后再转回字符串，得到["1", "2", ..., "12"]的干净数字列表。
• 输入输出自动映射：
  expand()生成的输入、输出列表是一一对应的，Snakemake会自动将每个输入文件匹配到对应输出文件，逐个执行shell命令。

更简洁的写法（用lambda表达式处理数字）： #

你也可以直接在expand()参数中用lambda函数处理数字，省去单独生成干净数字列表的步骤：

numbers = ["01", "02", "03", "04", "05", "06", "07", "08", "09", "10", "11", "12"]
starting_folder = "project/temp"

rule rename_files:
    input:
        expand("{folder}/file.{num}.ext", folder=starting_folder, num=numbers)
    output:
        expand("{folder}/file.{clean_num}_new.ext", 
               folder=starting_folder, 
               clean_num=lambda num: str(int(num)), num=numbers)
    shell:
        "ln -s {input} {output}"

运行后即可得到你期望的project/temp/file.1_new.ext这类输出文件。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Giulio Centorame