利用R语言Growthrates包提取两种模型的每孔AIC值求助

你可以通过以下步骤提取两种拟合模型的AIC值并存储：

• 提取fit_easymodel的AIC值
  fit_easylinear返回的拟合对象中直接包含aic元素，用sapply遍历列表即可批量提取：

  # 提取easylinear模型的AIC值
  aic_easy <- sapply(fit_easymodel, function(model) model$aic)
  

• 提取fit_splinemodel的AIC值
  同理，fit_spline的拟合结果也包含aic元素，用同样的方式提取：

  # 提取spline模型的AIC值
  aic_spline <- sapply(fit_splinemodel, function(model) model$aic)
  

• 整合结果并存储
  为了方便对应每个孔的信息，可以将AIC值与孔名（即df中除时间列外的列名）合并成数据框，后续可直接保存为文件：

  # 创建包含孔名和两种模型AIC的数据框
  aic_df <- data.frame(
    well_id = colnames(df)[-1],  # 提取所有孔的名称
    aic_easylinear = aic_easy,
    aic_spline = aic_spline
  )
  
  # 保存结果到CSV文件（可选）
  write.csv(aic_df, "growth_model_aic_results.csv", row.names = FALSE)
  

完整代码示例 #

library(growthrates)
split_df <- split(bactgrowth,~strain+replicate+conc)
timeseries <- lapply(split_df, function(x) x$value)

df <- cbind(data.frame(time = 1:31),
            as.data.frame(timeseries))

fit_easymodel <- lapply(2:length(colnames(df)), function(x) fit_easylinear(df$time, df[[x]]))
fit_splinemodel <- lapply(2:length(colnames(df)), function(x) fit_spline(df$time, df[[x]],spar=0.5))

# 提取AIC值
aic_easy <- sapply(fit_easymodel, function(model) model$aic)
aic_spline <- sapply(fit_splinemodel, function(model) model$aic)

# 整合并存储
aic_df <- data.frame(
  well_id = colnames(df)[-1],
  aic_easylinear = aic_easy,
  aic_spline = aic_spline
)

# 可选：保存到本地
write.csv(aic_df, "growth_aic_results.csv", row.names = FALSE)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Bandana