源码编译Numpy对接AMD BLIS后导入失败：未定义符号cblas_sgemm

问题场景与已执行步骤 #

我尝试从源码编译本地版本的Numpy，使其对接BLIS（提供BLAS和CBLAS，针对Zen3架构优化）以及OpenBLAS（提供LAPACK），但导入Numpy时触发未定义符号错误。已执行操作如下：

• 编译带CBLAS的Zen3优化BLIS：

  ./configure --enable-threading=openmp --enable-cblas --prefix=$HOME/blis zen3
  

  测试全通过后执行make install，确认$HOME/blis目录下存在相关库文件。
• 本地编译OpenBLAS，无特殊配置。
• 修改Numpy的site.cfg配置路径：

  [blis]
  libraries = blis
  library_dirs = /home/or/blis/lib/
  include_dirs = /home/or/blis/include/blis
  runtime_library_dirs = /home/or/blis/lib/
  
  [openblas]
  libraries = openblas
  library_dirs = /opt/OpenBLAS/lib
  include_dirs = /opt/OpenBLAS/include
  runtime_library_dirs = /opt/OpenBLAS/lib
  

• 编译安装Numpy（按文档要求将NPY_CBLAS_LIBS设为空，因BLIS已包含CBLAS）：

  NPY_BLAS_ORDER=blis NPY_LAPACK_ORDER=openblas NPY_CBLAS_LIBS= python ./numpy/setup.py build -j 32
  

错误信息 #

导入Numpy时报错：

Original error was: /home/or/.pyenv/versions/3.9.6/lib/python3.9/site-packages/numpy-1.24.0.dev0+998.g6a5086c9b-py3.9-linux-x86_64.egg/numpy/core/_multiarray_umath.cpython-39-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: cblas_sgemm

通过pip安装的预编译Numpy（内置OpenBLAS）可正常导入。

后续排查更新 #

• 查看make install日志发现，即便指定路径存在文件，系统仍无法定位BLIS库文件。
• 尝试重新编译BLIS并更换安装路径、重新配置Numpy后编译，问题依旧。
• 使用AMD官网预编译的BLIS时Numpy可正常工作，但缺少Zen3架构优化。

解决步骤 #

1. 确认BLIS库的CBLAS符号是否正确导出 #

用nm命令检查BLIS库中的CBLAS符号：

nm -D $HOME/blis/lib/libblis.so | grep cblas_sgemm

如果输出为空，说明BLIS编译时CBLAS未正确启用，需重新编译：

• 清理旧构建文件：make clean
• 重新配置（明确指定CBLAS实现为BLIS）：

  ./configure --enable-threading=openmp --enable-cblas --enable-cblas-vendor=blis --prefix=$HOME/blis zen3
  

• 编译安装：make -j32 && make install

2. 确保Numpy编译时正确链接BLIS #

编译前临时将BLIS路径加入环境变量，避免链接阶段找不到库：

export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/blis/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LIBRARY_PATH=$HOME/blis/lib:$LIBRARY_PATH
export C_INCLUDE_PATH=$HOME/blis/include/blis:$C_INCLUDE_PATH

重新编译Numpy并查看链接过程：

NPY_BLAS_ORDER=blis NPY_LAPACK_ORDER=openblas NPY_CBLAS_LIBS= python ./numpy/setup.py build -j 32 --verbose

检查输出中是否包含-L/home/or/blis/lib -lblis的链接参数。

3. 调整site.cfg配置细节 #

在[blis]段添加强制链接参数，确保运行时能找到库：

[blis]
libraries = blis
library_dirs = /home/or/blis/lib/
include_dirs = /home/or/blis/include/blis
runtime_library_dirs = /home/or/blis/lib/
extra_link_args = -Wl,-rpath=/home/or/blis/lib -fopenmp

注：-fopenmp对应BLIS编译时启用的OpenMP线程模型，若用其他线程模型需替换对应参数。

4. 检查Numpy构建检测日志 #

查看Numpy编译生成的检测日志，确认BLIS被正确识别：

cat build/temp.linux-x86_64-3.9/numpy/core/blas_opt_info.txt

日志中应明确显示BLIS的路径、库文件及CBLAS符号检测结果。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Crispy Holiday