RStudio Server中devtools安装失败求助（gert编译链接报错）

环境信息 #

• R版本：4.1.1 (2021-08-10) "Kick Things"
• 平台：x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
• Linux系统：3.10.0-957.el7.x86_64，gcc 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-36)

问题详情 #

在RStudio Server执行install.packages("devtools")时失败，核心错误出现在依赖包gert的编译阶段，链接器报错：

/usr/bin/ld: /tmp/RtmpK20lPh/R.INSTALL10915eb5334/gert/libgit2/lib/libgit2.a(annotated_commit.c.o): unrecognized relocation (0x2a) in section `.text'
/usr/bin/ld: final link failed: Bad value
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [gert.so] Error 1

因gert安装失败，导致usethis和devtools均无法完成安装。尝试通过yum安装系统级libgit2（版本0.26.8-1.el7_9）后问题依旧，且yum执行时出现权限错误：[Errno 13] Permission denied: '/var/lib/rpm/.dbenv.lock'

解决方案 #

1. 解决yum权限问题（如需安装系统依赖） #

若无root权限，联系管理员执行以下命令安装完整的libgit2开发包：

sudo yum install libgit2-devel

无法获取root权限则跳过此步骤，直接编译适配版本的libgit2。

2. 编译适配的libgit2版本 #

gert 1.9.1要求的libgit2版本高于系统yum提供的0.26.8，建议编译安装libgit2 1.5.x版本：

# 下载libgit2 v1.5.0版本源码并解压，进入源码目录
mkdir build && cd build
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/local/libgit2
make
make install

3. 指定libgit2路径安装gert #

在R中设置环境变量，让gert使用刚才编译的libgit2：

Sys.setenv(LIBGIT2_INCLUDE = "$HOME/local/libgit2/include")
Sys.setenv(LIBGIT2_LIB = "$HOME/local/libgit2/lib")
install.packages("gert", type = "source")

4. 安装devtools #

gert安装成功后，直接执行：

install.packages("devtools")

5. 备选方案：使用二进制包（若服务器支持） #

如果服务器配置了R二进制包源，尝试安装二进制版本：

install.packages("devtools", type = "binary")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Penicillin Yao