如何在Snakemake中遍历嵌套列表元素以规范输出命名？

直接用列表推导式+expand就能搞定，不需要拆分SAMPLES列表，完美对应索引配对，同时生成单个样本的路径：

RUN_ID = ["run1", "run2"]
SAMPLES = [["A", "B", "C"], ["D","E","F"]]

# 生成目标路径列表
output_paths = [
    path 
    for run, samples_sub in zip(RUN_ID, SAMPLES) 
    for path in expand("results/{run}/{sample}.txt", run=run, sample=samples_sub)
]

原理说明 #

• zip(RUN_ID, SAMPLES) 严格保证run1对应["A","B","C"]，run2对应["D","E","F"]，不会乱配对；
• 内层的expand会把每个子列表里的样本单独展开，生成results/run1/A.txt、results/run1/B.txt这类单个样本的路径，而非把整个子列表塞进去；
• 列表推导式把所有路径整合到一个列表里，直接可以用在rule all的input或者其他规则的output里。

如果要直接写在规则里，也可以这么用：

rule all:
    input:
        [
            path 
            for run, samples_sub in zip(RUN_ID, SAMPLES) 
            for path in expand("results/{run}/{sample}.txt", run=run, sample=samples_sub)
        ]

这种方式完全自动化，不用手动拆分SAMPLES，也不会出现错误配对的问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者recurso